Sau 6 tháng rà soát, thiết lập quy trình thực hiện với sự giúp đỡ của đơn vị tư vấn là Công ty TNHH á Châu (AHEAD) được UBND tỉnh chỉ định, ngày 20 /2/2009 Giám đốc Sở TN&MT đã có Quyết định số 17/QĐ-TNMT triển khai áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2000 vào hoạt động quản lý nhà nước của Sở Tài nguyên và Môi trường kể từ ngày 20/02/2009; Hệ thống hồ sơ tài liệu được ban hành đồng bộ kèm theo. Sau 3 tháng vận hành quy trình, Công ty TNHH GIG Việt Nam được UBND tỉnh lựa chọn làm cơ quan giám sát đánh giá đã thẩm định, hoàn thiện hồ sơ đệ trình Tổng cục đo lường chất lượng Việt Nam xét cấp giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn ISO  cho Sở TN&MT.


Ngày 10/6/2009, Tổng cục trưởng Tổng cục  tiêu chuẩn đo lường chất lượng Việt nam đã ký Quyết định số 822/QĐ-TĐC cấp giấy chứng nhận số 0191/2009: Hệ thống quản lý chất lượng phù hợp  tiêu chuẩn Việt Nam ISO 9001:2000  cho Sở Tài nguyên và Môi trường Phú Thọ.


 Các lĩnh vực hoạt động của Sở Tài nguyên và Môi trường đã được chứng nhận phù hợp tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2000  gồm: 


1- Cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất;


2- Xây dựng và trình UBND tỉnh phê duyệt quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất;


3- Xây dựng  và trình UBND tỉnh ra quyết định giao đất;


4- Thẩm định trình UBND tỉnh phê duyệt dự toán các dự án, đề tài, phương án thuộc lĩnh vực Tài nguyên và Môi trường;


5- Thẩm định hồ sơ và ra thông báo nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp; tiếp nhận đăng ký chủ nguồn chất thải nguy hại;


6- Thẩm định trình UBND tỉnh phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường của các dự án đầu tư; Thẩm định trình UBND phê duyệt chủ trương thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản;


 7- Cấp giấy phép khai thác nước dưới đất, nước bề mặt, xả nước thải vào nguồn nước và hành nghề khoan nước dưới đất;


8- Cấp giấy phép hoạt động khoáng sản (Thăm dò, khai thác, chế biến);


9- Thẩm định hồ sơ, kiểm tra, thẩm định và nghiệm thu công trình, sản phẩm đo đạc bản đồ; Thẩm định hồ sơ năng lực, đề nghị Cục Đo đạc bản đồ VN cấp giấy phép hoạt động đo đạc bản đồ;


10- Xây dựng, trình UBND tỉnh phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch và dự toán ngân sách về tài nguyên và môi trường hàng năm trên địa bàn tỉnh;


11- Thẩm định thanh toán khối lượng về nghiệp vụ Tài nguyên và Môi trường;


12- Thanh tra, kiểm tra;


13- Giải quyết khiếu nại, tố cáo;


 Việc triển khai áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng TCVN ISO 9001:2000  vào hoạt động của Sở Tài nguyên và Môi trường nhằm  mục tiêu đưa công tác quản lý hành chính nhà nước về dịch vụ hành chính công thực hiện theo tiêu chuẩn bằng các quy trình, quy định, hướng dẫn thống nhất, đồng bộ. Chất lượng công việc sẽ được nâng cao,  phục vụ tốt hơn yêu cầu của các tổ chức và công dân có nhu cầu liên hệ. Hệ thống  này được cam kết duy trì và thường xuyên cải tiến nâng cao hiệu lực và hiệu quả theo các yêu cầu của tiêu chuẩn TCVN  ISO 9001:2000.