Phần lớn các nhà máy trên địa bàn tỉnh hoạt động với công nghệ sản xuất lạc hậu, thiết bị máy móc cũ, tiêu tốn nhiều năng lượng, nguyên liệu đồng thời thải ra nhiều chất thải, như nước thải, khí thải, chất thải rắn... với sự thiếu đồng bộ, hoặc không có công nghệ xử lý chất thải đạt tiêu chuẩn cho phép để trước khi thải ra môi trường, do đó đã gây tác hại xấu đến môi trường xung quanh. Trên địa bàn tỉnh còn có các cơ sở sản xuất tiểu, thủ công nghiệp phát triển theo nhu cầu thị trường và bám theo các khu công nghiệp, đô thị, nằm xen kẽ trong các khu dân cư. Từ đó, kéo theo vấn đề suy thoái, ô nhiễm môi trường trên địa bàn tỉnh đang ngày càng trở nên bức xúc.


Năm 2007, theo số liệu thống kê, lượng chất thải rắn (CTR) của toàn tỉnh có trên 500 tấn/ngày, trong đó thành phố Việt Trì là 225 tấn/ngày, thị xã Phú Thọ 200 tấn/ngày số chất thải còn lại là của các thị trấn, các huyện lỵ. Rác thải sinh hoạt đô thị và rác thải công nghiệp, chiếm từ 70 đến 80%, CTR công nghiệp chiếm khoảng 20%, CTR nguy hại chiếm khoảng 2% tổng lượng rác thải phát sinh. Tuy lượng CTR mới chiếm lượng nhỏ, nhưng có tiềm ẩn nguy cơ gây hại cho sức khỏe con người và môi trường rất cao và có xu hướng gia tăng. Nguồn phát sinh CTR (CTR sinh hoạt, CTR xây dựng, CTR bệnh viện, CTR công nghiệp) trên địa bàn tỉnh tương đối lớn, rất đa dạng, được phân bố khắp các địa phương trong tỉnh.


Mặc dù khối lượng rác thải sinh hoạt hàng ngày lớn như vậy, nhưng chỉ có thành phố Việt Trì, thị xã Phú Thọ là có hệ thống thu gom rác thải, do Công ty cổ phần Môi trường và Dịch vụ đô thị thực hiện thu gom, vận chuyển rác thải để đưa đi xử lý tập trung. Mặc dù những năm qua, công tác này có cải thiện, do được đầu tư thêm phương tiện vận chuyển, nhưng tại thành phố Việt Trì mới thực hiện được ở 15/22 xã, phường; thị xã Phú Thọ có 4/10 phường, xã và một số huyện có đơn vị làm dịch vụ môi trường, hoặc đội tự quản thu gom rác thải để đưa đi chôn lấp tập trung. Còn có nơi CTR  của các khu dân cư thải ra chưa được tổ chức thu gom và xử lý.


Hiện nay, cơ sở hạ tầng và các thiết bị kỹ thuật tại các khu đô thị để phục vụ xử lý CTR chưa được đầu tư xây dựng và trang bị đầy đủ nhằm đáp ứng yêu cầu xử lý rác thải của tỉnh. Song, số rác thải tại các khu đô thị trong tỉnh chưa được phân loại từ đầu nguồn, chỉ có phần rác thải hữu cơ được xử lý làm phân bón, phần còn lại không được phân loại để xử lý mà chỉ xử lý bằng phương pháp đem đi đốt, do đó làm khí thải tăng lên, đã gây ô nhiễm môi trường. Trong khi đó, thị xã Phú Thọ và các huyện lỵ thực hiện xử lý rác thải bằng việc chôn lấp tập trung sơ sài, vì vậy đã gây ô nhiễm môi trường và ảnh hưởng nguồn nước ngầm...


Năm 2005, được sự hỗ trợ của dự án phát triển công nghiệp đô thị Việt Trì, do DANIDA (Thụy Sĩ) tài trợ, tỉnh đã đầu tư xây dựng 1 lô đất với diện tích 1ha để xử lý, chôn lấp rác thải y tế nguy hại, tại khu xử lý CTR Trạm Thản – Phù Ninh, đồng thời trang bị cho Công ty cổ phần Môi trường và Dịch vụ đô thị 1 xe chở rác để thu gom vận chuyển toàn bộ rác thải y tế, tại các bệnh viện trong tỉnh Phú Thọ. Công trình chưa hoàn thành, do thiếu vốn, nên việc xử lý theo phương án này chưa được thực hiện.


Điều đáng nói là các chất thải công nghiệp tại địa bàn tỉnh được thu gom và  xử lý mới chiếm gần 30% tổng sản lượng rác thải, như vậy phần rác thải còn lại là rất lớn. Trong đó, lượng chất thải nguy hại trên địa bàn tỉnh chưa có phương án xử lý thích hợp, nhiều nơi sử dụng phương pháp tình thế bằng cách tự chôn lấp ngay trong khuôn viên cơ sở sản xuất của mình.


Quản lý CTR công nghiệp trên địa bàn đang là vấn đề nan giải, đã gây nhiều bức xúc cho các cơ quan chức năng của tỉnh. Mặc dù tỉnh đã quan tâm đầu tư xây dựng khu xử lý CTR Trạm Thản - Phù Ninh để xử lý chất thải công nghiệp và chất thải nguy hại, nhưng do thiếu vốn, nên đến nay vẫn chưa hoàn thành. Hy vọng rằng, trong thời gian tới, với sự quan tâm hơn nữa của Nhà nước và các cấp, ngành, khu xử CTR trên sẽ được đầu tư xây dựng dứt điểm, sớm hoàn thành đưa vào hoạt động, giải quyết triệt để các loại chất thải nguy hại gây ô nhiễm môi trường và ảnh hưởng tới sức khỏe người dân.