Trung tâm đã nhiều năm được công nhận đạt chuẩn theo hệ thống chất lượng quốc tế ISO/IEC 17025: 2005. Việc duy trì hệ thống chất lượng đạt chuẩn quốc tế luôn là tiêu chí được ưu tiên. Tiếp thu học hỏi các phương thức quản lý, kỹ thuật mới bằng các hình thức như: Cử cán bộ hàng năm tham gia các khóa đào tạo tập huấn ngắn hạn, dài hạn do Văn phòng Công nhận chất lượng hoặc Tổng cục Môi trường tổ chức.

Để duy trì tốt hoạt động quan trắc môi trường việc đảm bảo chất lượng/ kiểm soát chất lượng được thực hiện bằng các hình thức sau: 

Trong quá trình quan trắc, phân tích môi trường, đã thực hiện các quy định theo Thông tư 21/2012/TT- BTNMT về đảm bảo chất lượng và kiểm soát chất lượng trong quan trắc môi trường. Mỗi thông số đều thực hiện theo các tiêu chuẩn Quốc tế, Quốc gia hoặc các tiêu chuẩn phù hợp và có quy định cụ thể về chương trình QA/QC (đảm bảo chất lượng/kiểm soát chất lượng), đồng thời tiến hành xác nhận giá trị sử dụng của từng phương pháp và công bố các giá trị giới hạn phát hiện (MDL), giới hạn định lượng (LOQ), độ lặp lại, độ tái lặp, độ không đảm bảo đo (ĐKĐBĐ). 

Lập kế hoạch, tổ chức chương trình đánh giá nội bộ, đánh giá do các đơn vị có chức năng giám sát hoạt động quan trắc môi trường nhằm đảm bảo các chương trình QA/QC. Hàng năm tham gia chương trình thử nghiệm thành thạo/so sánh liên phòng hàng năm do Tổng cục Môi trường và các đơn vị có chức năng tổ chức.

Mặc dù còn nhiều khó khăn, cơ sở vật chất còn thiếu thốn nhưng cán bộ của Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường vẫn luôn không ngừng phấn đấu, cố gắng nâng cao trình độ chuyên môn cũng như tay nghề để phục vụ công tác quan trắc môi trường được tốt hơn, góp phần trong công tác bảo vệ môi trường phát triển bền vững. Khẳng định được vai trò trong hỗ trợ hoạt động quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường nhằm phát hiện và xử lý kịp thời các cơ sở sản xuất, kinh doanh, các khu công nghiệp, cụm công nghiệp, khắc phục phòng ngừa các sự cố, nguy cơ gây ô nhiễm môi trường trên địa bàn tỉnh Phú Thọ và nâng cao chất lượng tư vấn, hỗ trợ cho các tổ chức, cá nhân thực hiện lập báo cáo đánh giá tác động môi trường và bản cam kết bảo vệ môi trường, quan trắc, giám sát định kỳ về môi trường theo quy định.