Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường được hình thành tiền thân là Trạm Quan trắc Môi trường của Trung tâm quản lý Môi trường thuộc Sở Khoa học Công nghệ và Môi trường. Tháng 7 năm 2003, Trạm Quan trắc Môi trường được tách, nhập với các tổ chức hợp thành Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Phú Thọ. Ngày 20/7/2005 Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường được hình thành và phát triển trên nền tảng là Trạm Quan trắc Môi trường. Trung tâm hoạt động theo quy chế hoạt động của đơn vị sự nghiệp công lập, theo diện đơn vị có nguồn thu sự nghiệp tự bảo đảm một phần chi phí hoạt động thường xuyên, phần còn lại được ngân sách nhà nước cấp.  

Trạm Quan trắc Môi trường đã phục vụ tích cực cho công tác quản lý môi trường của tỉnh Phú Thọ. Tuy nhiên, các hoạt động của Trạm còn bất cập giữa quy mô và nhiệm vụ, nhiệm vụ hoạt động của Trạm lớn, trong khi tổ chức bộ máy của Trạm vẫn còn chưa tương xứng. Trạm đã thực hiện được tất cả các nhiệm vụ được phân công, trong đó chỉ có nhiệm vụ xây dựng và đo quan trắc vị trí các điểm là có tích chất cố định, lặp đi lặp lại, còn các nhiệm vụ còn lại không mang tính chất cố định. Do đó, sự hình thành “Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường Phú Thọ” là rất cần thiết, tạo điều kiện thuận lợi để phát huy năng lực cơ sở vật chất trang thiết bị, năng lực cán bộ của Trạm Quan trắc Môi trường. 

Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường được thành lập theo Quyết định số 1926/QĐ-UBND ngày 20/7/2005 của UBND tỉnh Phú Thọ, với chặng đường phát triển, chức năng nhiệm vụ được bổ sung, mở rộng.

Thời kỳ ban đầu, cơ cấu tổ chức có lãnh đạo Trạm, các bộ phận và số ít biên chế. Quá trình hình thành và phát triển theo thời gian, tổ chức bộ máy Trung tâm từng bước kiện toàn, biên chế được tăng cường và bổ sung, khi thành lập có 01 Phó Giám đốc phụ trách đến nay có Giám đốc, 02 Phó Giám đốc.

Bộ phận hình thành phát triển thành phòng chuyên môn nghiệp vụ, sau khi thành lập 3 phòng đi vào hoạt động theo chức năng nhiệm vụ của mình. 

Biên chế, theo quyết định thành lập có 05 biên chế hưởng lương ngân sách cấp và 15 biên chế quỹ lương do Trung tâm tự chi trả. Năm 2006 tuyển dụng được 11 biên chế quỹ lương do Trung tâm tự chi trả. Quá trình hoạt động có sự biến động, bổ sung về biên chế, hiện tại có 07 biên chế hưởng lương ngân sách cấp, 04 biên chế quỹ lương do Trung tâm tự chi trả.

Tổ chức đoàn thể: Tham gia  sinh hoạt Chi bộ chung (Chi bộ Môi trường), có 01 Chi đoàn, 01 Công đoàn bộ phận, 01 Tổ nữ công.

Cơ sở vật chất được tăng cường, trụ sở làm việc 3 tầng được cải tạo nâng cấp và bàn giao sử dụng năm 2012, Trung tâm đã được đầu tư cơ sở vật chất, các máy móc, thiết bị từ 02 dự án: Dự án VIE65/019 của UNDP và dự án DANIDA.

Trong quá trình hoạt động, Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường đạt được những thành tích:

Trung tâm quan trắc và Bảo vệ Môi trường luôn nêu cao tinh thần đoàn kết, thực hiện tốt các nhiệm vụ phục vụ công tác quản lý nhà nước về môi trường của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Phú Thọ, coi đó là nhiệm vụ chính trị quan trọng và trọng tâm xuyên suốt quá trình hoạt động của Trung tâm. Tổ chức thực hiện tốt các nhiệm vụ Sở giao, mở rộng các quan hệ tạo nhiều cơ hội tìm kiếm các hợp đồng theo chức năng và nhiệm vụ. Chú trọng công tác đào tạo bồi dưỡng về chuyên môn, lý luận chính trị và năng lực quản lý cho đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức và lao động hợp đồng. Chú trọng trong công tác quản lý tài chính đúng qui định của Nhà nước. Củng cố và xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện, phát huy tính dân chủ trong cơ quan, đoàn kết giúp nhau để cùng thực hiện nhiệm vụ.

Thực hiện hoạt động khoa học kỹ thuật phục vụ quản lý nhà nước: Đánh giá hiện trạng môi trường của tỉnh, góp phần vào công tác quy hoạch, định hướng phát triển công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp và nông nghiệp phù hợp với quá trình thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh Phú Thọ. Trung tâm được giao triển khai thực hiện dự án "Xác định hệ thống mạng lưới điểm quan trắc và thực hiện quan trắc, lấy mẫu phân tích, cảnh báo ô nhiễm môi trường hàng năm trên địa bàn tỉnh Phú Thọ" từ năm 2006 đến năm 2010. Tổng kết đánh giá giai đoạn 2006 - 2010, dự án đã được điều chỉnh bổ sung và đổi tên thành dự án “Thực hiện lưới quan trắc phân tích cảnh báo môi trường hàng năm trên địa bàn tỉnh Phú Thọ” từ năm 2011 đến 2015. Ngoài ra, Trung tâm còn được giao thực hiện dự án ”Điều tra đánh giá tình hình ô nhiễm môi trường tại các vùng nhạy cảm về môi trường trên địa bàn tỉnh”. 

Các dự án đã tổ chức triển khai thực hiện kịp thời, đảm bảo về thời gian, không gian, tiến độ của dự án, kết quả: Quan trắc, phân tích các thành phần môi trường, diễn biến nồng độ các chất ô nhiễm theo không gian và thời gian. Đánh giá được hiện trạng môi trường, phát hiện được một số vùng nhạy cảm, điểm nóng về môi trường. Dự báo, cảnh báo và đưa ra giải pháp giảm thiểu ô nhiễm môi trường tại các khu vực, phục vụ chiến lược phát triển kinh tế xã hội gắn với bảo vệ môi trường ở tỉnh Phú Thọ. Thống kê, tổng hợp, lưu trữ thông tin mạng lưới điểm quan trắc đã tạo ra bộ số liệu khoa học, khách quan, kịp thời theo từng khu vực nói riêng và cho toàn tỉnh nói chung.

Tỉnh Phú Thọ được Bộ Tài nguyên và Môi trường chọn đầu tư, lắp đặt Trạm quan trắc môi trường không khí tự động thuộc dự án “Tăng cường thiết bị tự động quan trắc môi trường không khí và nước”. Được giao nhiệm vụ tiếp quản và vận hành, Trung tâm đã tích cực chuẩn bị nhân lực và vật lực để tiếp quản, vận hành đảm bảo an toàn và hiệu quả.

Tích cực phối hợp với Thanh tra Sở, Chi cục Bảo vệ Môi trường tham gia thanh tra do Sở tổ chức mỗi năm khoảng 10 đơn vị. Quá trình lấy mẫu, phân tích môi trường đảm bảo đúng, đủ và kịp thời, đưa gia được những số liệu, ý kiến đánh giá xác thực.  

Triển khai quan trắc giám sát môi trường tại các đơn vị trên địa bàn tỉnh, mỗi năm từ 30 đến 50 đơn vị. Định kỳ, đánh giá tình hình ô nhiễm môi trường tại các đơn vị phục vụ tích cực cho công tác quản lý môi trường. 

Lập Báo cáo đánh giá tác động môi trường cho từ 5 đến 10 đơn vị, để phân tích đánh giá tình hình môi trường trong quá trình thực hiện dự án, góp phần vào công tác tham mưu cho tỉnh lựa chọn đánh giá các dự án phù hợp với điều kiện môi trường Tỉnh.

Lập các báo cáo xả nước thải vào nguồn nước mỗi năm từ 1 đến 3 đơn vị, để phân tích đánh giá môi trường nước thải của các đơn vị xin cấp phép, góp phần vào công tác tham mưu cho tỉnh cấp phép xả nước thải vào nguồn nước. 

Công tác vận hành, duy trì, đảm bảo phòng Phân tích - Quan trắc vận hành theo ISO/IEC 17025: Phòng Phân tích - Quan trắc được cấp chứng chỉ ISO/IEC 17025 từ năm 2005. Trong quá trình thực hiện, luôn chấp hành đúng các nội dung cam kết về tiêu chuẩn, chất lượng đảm bảo tiêu chuẩn VILAS phòng thí nghiệm. Hàng năm, Văn phòng Công nhận chất lượng - Tổng cục tiêu chuẩn đo lường chất lượng, đã tổ chức kiểm tra, đánh giá lại chất lượng theo định kỳ hàng năm. Kết quả Trung tâm được đánh giá là duy trì hệ thống ISO hoạt động tốt.

Công tác bảo trì, bảo dưỡng và đầu tư mới tài sản: Hàng năm Trung tâm vẫn thực hiện tiết kiệm, chống lãng phí để dành một khoảng kinh phí nhất định từ nguồn Ngân sách Nhà nước và nguồn dịch vụ; phục vụ cho công tác bảo trì, bảo dưỡng và mua mới tài sản.

Công tác đào tạo, bồi dưỡng, nâng cao nghiệp vụ: Tạo điều kiện cho cán bộ học nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ và lý luận chính trị, đã tạo điều kiện cho 03 cán bộ học cao cấp lý luận chính trị, 01 cán bộ học chương trình Trung cấp lý luận chính trị, 03 cán bộ học chuyên viên, 09 cán bộ học cao học, 12 cán bộ học đại học, cao đẳng.

Các hình thức khen thưởng đã được ghi nhận: Liên tục các từ năm 2004 đến năm 2012, Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ môi trường đều hoàn thành xuât sắc nhiệm vụ, được tặng danh hiệu Tập thể Lao động tiên tiến. Đặc biệt, với thành tích xuất sắc năm 2006, UBND tỉnh tặng Bằng khen, Năm 2009, được Bộ Tài nguyên và Môi trường tặng Bằng khen. Cán bộ công chức, viên chức và lao động hợp đồng, có nhiều cá nhân được khen thưởng ở các cấp, không có cá nhân xếp loại trung bình, yếu kém.

Tập thể Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường, Chi bộ, Công đoàn bộ phận, chi đoàn Quan trắc Môi trường đều đựơc đánh giá là tập thể đoàn kết, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, được các cấp khen thưởng.

Chặng đường đã qua mới chỉ là kết quả bước đầu, với sự quan tâm, giúp đỡ, ủng hộ tạo điều kiện thuận lợi của các đồng chí Lãnh đạo Sở, các phòng chức năng của Sở và các cấp các ngành liên quan. Chặng đường tiếp theo, Trung tâm Quan trắc và Bảo vệ Môi trường sẽ chủ động, sáng tạo, đoàn kết thực hiện tốt các nhiệm vụ được giao. Tiếp tục cũng cố về mọi mặt, phát các thế mạnh thúc đẩy sự phát triển bền vững và đáp ứng được yêu cầu của công cuộc công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước.