Phòng bệnh lở mồm long móng bằng vaccine vẫn là phương pháp hiệu quả nhất hiện nay, đối với trại không nằm trong vùng dịch bệnh, chủng virus làm vaccine nên là chủng đang lưu hành trong khu vực hay là chủng dự đoán có nguy cơ cao nhất.
- Heo đực mỗi năm tiêm phòng vaccine 3 lần.
- Heo nái tiêm trước khi đẻ 4 tuần.
- Heo con tiêm lần 1 lúc 14 ngày tuổi nếu mẹ không tiêm vaccine trước đó hoặc tiêm lúc 2,5 tháng tuổi nếu mẹ có tiêm vaccine trước đó, lần hai cách lần một 1 tháng sau đó.
- Heo hậu bị tiêm mũi 1 lúc 7 tuần tuổi, mũi 2 lúc 11 tuần tuổi, mũi 3 lúc 25 tuần tuổi.
Đối với trại ở trong vùng có dịch màtrước đó trang trại không tiêm phòng vaccine hoặc có tiêm nhưng không phải chủng virus đang nổ dịch thì ta nên tái chủng tổng đàn bằng chủng virus giống với chủng đang nổ dịch, trừ các đối tượng sau là không nên tiêm: heo con nhỏ hơn 3 tuần tuổi, heo đang ốm, heo 1 tháng nữa sẽ bán. Và nên tiêm sớm hơn bình thường 3-4 tuần.
Lưu ý rằng vaccine phòng bệnh Lở mồm long móng có tính kháng nguyên rất mạnh nên khi tiêm hay bị sốc vaccine: heo có thể bị sẩy thai, run, mẩn đỏ sau khi tiêm. Bởi vậy khi tiêm vaccine cần lưu ý giã đông đúng cách, để vaccine về nhiệt độ phòng trước khi tiêm, luôn chuẩn bị thuốc chống sốc như cafein, efidrin cùng xi lanh, nước.
Thời gian bảo hộ của vaccine tùy thuộc vào chương trình vaccine của quốc gia đó, Lượng kháng thể mẹ truyền, và dịch tễ trong vùng tại thời điểm làm vaccine.
Bên cạnh việc sử dụng vaccine thì chương trình phòng bệnh từ bên ngoài cũng không kém phần quan trọng. Các biện pháp chủ yếu là kiểm soát khách ra vào, xe cộ, súc vật khác thả vào khu vực chăn nuôi. Phun thuốc sát trùng phòng bệnh khi những địa phương kế bên bị bệnh. Các thuốc sát trùng phun 2 lần trong ngày.