Đảng bộ Sở Tài nguyên và Môi trường được thành lập tại Quyết định 141/QĐ-ĐU ngày 7/8/2003 của Đảng ủy khối; là Đảng bộ trực thuộc Đảng bộ Khối các cơ quan tỉnh Phú Thọ; Khi mới được thành lập với tổng số đảng viên trong Đảng bộ là 52 đảng viên, sinh hoạt tại 7 Chi bộ. Ban chấp hành Đảng ủy gồm 9 đồng chí; Bí thư: Đồng chí Trần Diễm, Phó bí thư: Đồng chí Nguyễn Ngọc Thắng; Ban thường vụ Đảng ủy gồm: 3 đồng chí; UBKT gồm 5 đồng chí.

Sở Tài nguyên và Môi trường được thành lập theo Quyết định số 2055/2003/QĐ-UB ngày 10/7/2003 của UBND tỉnh Phú Thọ trên cơ sở hợp nhất tổ chức của của Sở Địa chính và các tổ chức thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên Nước, tài nguyên Khoáng sản, Môi trường thuộc sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công nghiệp, Sở Khoa học và Công nghệ.

Đoàn thanh niên Sở Tài nguyên và Môi trường là một tổ chức đoàn thể, hoạt động dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng uỷ, Lãnh đạo Sở và Đoàn khối các cơ quan tỉnh Phú Thọ. Được thành lập từ năm 2003 hiện có hơn 100 cán bộ, đoàn viên thanh niên làm việc tại các Phòng, các Chi cục và các đơn vị thuộc Sở.

Công đoàn cơ sở Sở Tài nguyên và Môi trường tiền thân là Công đoàn cơ sở Sở Địa chính nhiệm kỳ 2002 -2005, sau khi Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Phú Thọ được thành lập theo Quyết định số 2055/2003/QĐ-UB, ngày 10/7/2003 của UBND tỉnh Phú Thọ, theo đó các tổ chức đoàn thể được đổi tên. Sau khi tiếp nhận đoàn viên công đoàn của bộ phận môi trường và khoáng sản từ Sở Khoa học công nghệ & Môi trường và Sở Công nghiệp chuyển sang, tổng số đoàn viên tại thời điểm thành lập Sở là 73 đoàn viên, sinh hoạt theo 05 Công đòan bộ phận,

Chi hội Luật gia sở Tài nguyên và Môi trường tiền thân là chi hội Luật gia Sở  Địa chính  là  Tổ chức Chính trị- Xã hội  trực thuộc Đảng  bộ sở Tài nguyên Môi trường và Hội Luật gia tỉnh Phú Thọ. Trong suốt quá trình hoạt động, từ khi được thành lập đến nay, được sự  quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo, giúp đỡ tạo mọi điều kiện thuận lợi của  Lãnh đạo Hội Luật gia tỉnh, Đảng ủy, Lãnh đạo sở, sự phối hợp có hiệu quả của các phòng, đơn vị, các tổ chức đoàn thể thuộc Sở, chi hội đã nõ lực phấn đấu khắc phục mọi khó khăn hoàn thành tốt chức năng nhiệm vụ được giao.

Hoạt động Hội CCB Sở TNMT mười năm qua luôn nhận được sự quan tâm giúp đỡ, chỉ đạo của BCH Hội CCB khối các cơ quan tỉnh; sự lãnh đạo trực tiếp của BCH Đảng ủy Sở TNMT, sự ủng hộ của các tổ chức, đoàn thể cơ quan và với sự nỗ lực phấn đấu không ngừng trong công tác Hội.

Gắn liền với quá trình xây dựng và phát triển 10 năm (2003 -2013) của Sở Tài nguyên và Môi trường, công tác đảm bảo về chương trình, kế hoạch, dự án và nguồn lực tài chính để thực thi các nhiệm vụ chuyên môn cũng như hoạt động thường xuyên luôn được xác định là nhiệm vụ hàng đầu, đi trước một bước. Ngay từ khi thành lập Sở, việc đảm bảo kinh phí đầu tư cho cơ sở vật chất, kinh phí hoạt động của các đơn vị mới sát nhập được quan tâm kịp thời; trong 10 năm xây dựng và phát triển, công tác xây dựng kế hoạch, dự án và nguồn lực kinh phí để thực thi nhiệm vụ trước mắt và dài hạn trên 6 lĩnh vực tài nguyên và môi trường luôn được chú trọng. Qua 10 năm thực hiện, Sở Tài nguyên và Môi trường Phú Thọ đã tích cực đề xuất và đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường và UBND tỉnh Phú Thọ phê duyệt các chương trình, kế hoạch và đầu tư kinh phí để thực hiện các lĩnh vực như sau:

Văn phòng sở Tài nguyên và Môi trường được thành lập tháng 5/2005 trên cơ sở đổi tên phòng Tổ chức - Hành chính. Văn phòng Sở  là cơ quan tham mưu cho Lãnh đạo sở về công tác tổ chức cán bộ của Sở và toàn ngành, công tác Tổng hợp - Hành chính Quản trị, cải cách hành chính, thi đua khen thưởng, đảm bảo duy trì hoạt động thường xuyên của sở TNMT.