Theo số liệu thống kê đến hết tháng 5/2023, tổng diện tích nuôi thủy sản trên địa bàn tỉnh đạt 8.725 ha/10.560 ha đạt 82,6% so với kế hoạch trong đó: diện tích nuôi thâm canh đạt 2.450 ha/2.510 ha đạt đạt 97,6% so với kế hoạch, diện tích nuôi bán thâm canh 2.930 ha/3.050 ha đạt 96%, diện tích nuôi mặt nước lớn đạt 2.355ha/2.470 ha đạt 95,3%, diện tích nuôi cá 1 vụ đạt 990 ha/2.530 ha đạt 39,1%.
Tổng số lồng nuôi trên sông và hồ chứa đạt 1.865 lồng (1.720 lồng lưới và 142 lồng truyền thống đạt 100% so với kế hoạch) tập trung tại các huyện: Việt Trì: 110 lồng; Đoan Hùng: 885 lồng; Phù Ninh: 95 lồng; Hạ Hòa: 120 lồng; Yên Lập: 40 lồng; Cẩm Khê: 110 lồng; Tam Nông: 50 lồng; Thanh Sơn: 30 lồng; Thanh Thủy: 400 lồng; Tân Sơn: 25 lồng. Tổng sản lượng nuôi trồng và khai thác thủy sản trên địa bản tỉnh Phú Thọ ước đạt 16.324,8 tấn/43.700 tấn đạt 37,4% so với kế hoạch.
Thực hiện nhiệm vụ quan trắc môi trường, giám sát tình hình dịch bệnh và an toàn thực phẩm thủy sản định kỳ trên địa bàn tỉnh, Chi cục Thủy sản phối hợp với Trung tâm Quan trắc môi trường và dịch bệnh thủy sản Miền Bắc (Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I) đã lấy 45 mẫu tôm, cá và 05 mẫu nước tại các khu nuôi tập trung, khu vực nuôi cá lồng ở các huyện Lâm Thao, Thanh Thủy, thành phố Việt Trì, Đoan Hùng, Cẩm Khê kết quả: có 02/7 mẫu phân tích nhiễm nấm (Rhizopus nigrican) và vi khuẩn (aeromonas hydrophila); không có mẫu cá, tôm nhiễm sán lá gan, sán lá ruột và virus (TiLV, SCV). Mật độ vi khuẩn E.coli tổng số (vi khuẩn gây mất an toàn thực phẩm) dao động từ 0 - 2,3×102 cfu/100 ml, có 4/5 mẫu cao hơn từ 1 - 11,5 lần so ngưỡng giới hạn (≤ 2,0x101 cfu/100ml); mật độ vi khuẩn Aeromonas tổng số (vi khuẩn gây bệnh cho cá) trong nước cao hơn ngưỡng phù hợp cho nuôi thủy sản từ 1,4 - 1,6 lần có khả năng gây bệnh cho cá và không đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm. Để chủ động phòng, trị bệnh và đảm bảo an toàn thực phẩm đối với nuôi trồng thủy sản, Sở Nông nghiệp và PTNT đã có văn bản đề nghị UBND các huyện, thành, thị quan tâm chỉ đạo trong đó tập chung vào các nội dung: tăng cường công tác thông tin, tuyên truyền và áp dụng các biện pháp quản lý chất lượng vùng nuôi thủy sản; Đối với các ao nuôi tại các vùng nuôi có mật độ vi khuẩn E.coli tổng số (gây mất An toàn thực phẩm) và vi khuẩn Aeromonas tổng số (gây nhiễm bệnh cho cá) trong môi trường nước cao hơn ngưỡng cho phép thì thực hiện thay 1/3 nguồn nước ao nuôi và sử dụng các loại hóa chất diệt khuẩn (BKC, Iodine,…), chế phẩm vi sinh định kỳ theo hướng dẫn của nhà sản xuất; Đối với lồng nuôi có cá nhiễm vi khuẩn, nấm (cá hoạt động chậm chạp, da cá sẫm lại, trên da có vết mòn màu xám hoặc đốm đỏ, xuất huyết, các vết mòn dần lan rộng và sâu thành vết loét lõm sâu tới xương): Có thể dử dụng các loại thuộc thú y thủy sản có thành phần Doxycyline, Amoxicillin (80-100%), Bronopol (50%) theo hướng dẫn và khuyến cáo của nhà sản xuất để điều trị; Theo dõi chặt chẽ đàn cá nuôi, khi phát hiện cá bị nhiễm bệnh, chết rải rác phải vớt ngay và thực hiện tiêu hủy đúng quy định. Tuyệt đối không vứt cá chết ra sông, kênh cấp, kênh tiêu để tránh lây lan nguồn bệnh. Đến nay chất lượng nước tại các vùng nuôi tập chung được cải thiện, dịch bệnh không lây lan ra diện rộng.