Sở Tài nguyên và Môi trường được thành lập theo Quyết định số 2055/2003/QĐ-UB ngày 10/7/2003 của UBND tỉnh Phú Thọ trên cơ sở hợp nhất tổ chức của của Sở Địa chính và các tổ chức thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài nguyên Nước, tài nguyên Khoáng sản, Môi trường thuộc sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công nghiệp, Sở Khoa học và Công nghệ.

Đảng bộ Sở Tài nguyên và Môi trường được thành lập tại Quyết định 141/QĐ-ĐU ngày 7/8/2003 của Đảng ủy khối; là Đảng bộ trực thuộc Đảng bộ Khối các cơ quan tỉnh Phú Thọ; Khi mới được thành lập với tổng số đảng viên trong Đảng bộ là 52 đảng viên, sinh hoạt tại 7 Chi bộ. Ban chấp hành Đảng ủy gồm 9 đồng chí; Bí thư: Đồng chí Trần Diễm, Phó bí thư: Đồng chí Nguyễn Ngọc Thắng; Ban thường vụ Đảng ủy gồm: 3 đồng chí; UBKT gồm 5 đồng chí.

Đoàn thanh niên Sở Tài nguyên và Môi trường là một tổ chức đoàn thể, hoạt động dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng uỷ, Lãnh đạo Sở và Đoàn khối các cơ quan tỉnh Phú Thọ. Được thành lập từ năm 2003 hiện có hơn 100 cán bộ, đoàn viên thanh niên làm việc tại các Phòng, các Chi cục và các đơn vị thuộc Sở.