Để tổ chức triển khai thực hiện các quy trình vận hành liên hồ chứa, Bộ đã chỉ đạo Cục Quản lý tài nguyên nước thí điểm thực hiện việc theo dõi, giám sát thường xuyên, liên tục việc vận hành 67 hồ chứa theo các quy trình vận hành liên hồ chứa trên 11 lưu vực sông. Qua đó đã kịp thời phát hiện và chấn chỉnh, đôn đốc, hướng dẫn các chủ hồ thực hiện đúng quy định của các quy trình.

Bên cạnh việc thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát việc tuân thủ các quy định của Quy trình vận hành trên các lưu vực sông đã được ban hành, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã và đang tiến hành rà soát, đánh giá tình hình thực hiện các quy trình trên các lưu vực sông trong mùa cạn và mùa lũ vừa qua để nghiên cứu, chỉnh sửa, bổ sung cho phù hợp với tình hình nguồn nước, đặc biệt là trong điều kiện biến đổi khí hậu, những hình thái thời tiết cực đoan như trong thời gian vừa qua. Theo đó, đã trình Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 282/QĐ-TTg ngày 01/3/2017 sửa đổi, bổ sung một số điều của Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Ba và Quyết định số 305/QĐ-TTg ngày 08/3/2017 sửa đổi, bổ sung một số điều của Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Đồng Nai.

Hiện nay, Bộ đang chỉ đạo nghiên cứu, rà soát và điều chỉnh Quy trình vận hành liên hồ chứa trên các lưu vực sông: Hồng, Mã và Sê San để trình Thủ tướng Chính phủ ban hành trong tháng 11 năm 2017.