Thông tư này hướng dẫn việc quản lý, sử dụng và thanh quyết toán kinh phí sự nghiệp kinh tế do ngân sách Nhà nước cấp hàng năm để thực hiện các nhiệm vụ, dự án đối với hoạt động quản lý tài nguyên nước. Thông tư quy định cụ thể và chi tiết nhiệm vụ chi sự nghiệp kinh tế đối với hoạt động quản lý tài nguyên nước của Trung ương và địa phương, gồm: hoạt động điều tra cơ bản, đánh giá tài nguyên nước; quy hoạch tài nguyên nước; hoạt động bảo vệ tài nguyên nước; hoạt động phòng, chống suy thoái, cạn kiệt tài nguyên nước và các hoạt động phục vụ khác. Đồng thời, Thông tư cũng quy định mức chi và hướng dẫn lập, chấp hành và quyết toán kinh phí chi sự nghiệp kinh tế đối với hoạt động quản lý tài nguyên nước. Trong đó, quy định đối với đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm toàn bộ kinh phí hoạt động, các doanh nghiệp tham gia thực hiện dự án được tính chi phí quản lý chung và xác định theo tỷ lệ % trên chi phí trực tiếp.