Theo đó, Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung một số điều của pháp lệnh tổ chức điều tra hình sự bổ sung quyền khởi tố điều tra tội phạm ma túy cho Bộ đội Biên phòng, cảnh sát Biển (Bộ Quốc phòng) và quyền khởi tố điều tra tội phạm về môi trường cho cảnh sát Môi trường (Bộ Công an); mở rộng quyền hạn điều tra tội phạm nói trên tới cấp phòng thuộc Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát Biển và  Cảnh sát Môi trường. Từ ngày 1/6/2009 ba lực lượng nêu trên sẽ được quyền ra quyết định khởi tố điều tra khi phát hiện ra tội phạm trong lĩnh vực mình quản lý.


Đối với Pháp lệnh án phí, lệ phí tòa án quy định số tiền án phí hình sự sơ thẩm, phúc thẩm tăng gấp 4 lần mức án phí đang thực hiện, nâng từ 50.000 đồng/vụ lên 200.000 đồng/vụ. Đối với các tranh chấp dân sự, kinh doanh, thương mại... án phí tính theo tỉ lệ gia tăng của giá trị tài sản tranh chấp chứ không tính theo mức bình quân 5% đang thực hiện. Mức cao nhất đối với tài sản trên 4 tỉ đồng sẽ có án phí 112 triệu đồng cộng với 0,1% giá trị tranh chấp vượt quá 4 tỉ đồng. Pháp lệnh này có hiệu lực từ 1/7/2009.