Theo đó, đối với chất thải rắn, chủ cơ sở phải thu gom, phân loại chất thải rắn tại nguồn thành các nhóm: phụ phẩm có thể tận dụng, chất thải rắn sản xuất, chất thải rắn sinh hoạt và các chất thải rắn phải được chứa đựng trong các dụng cụ chứa kín đảm bảo vệ sinh, định kỳ chuyển đến cơ sở chế biến tiếp theo; hoặc đem xử lý tiêu hủy, chôn lấp ở địa điểm quy định của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.


Chủ cơ sở phải có biện pháp thu gom và xử lý nước thải tại hệ thống xử lý của cơ sở hoặc của các khu công nghiệp, khu chế biến thủy sản tập trung, bảo đảm nước thải trước khi thải ra môi trường tối thiểu phải đạt các chỉ tiêu quy định theo tiêu chuẩn môi trường bắt buộc áp dụng, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về nước thải chế biến thủy sản. Hệ thống thu gom và xử lý nước thải của cơ sở phải bảo đảm không làm ô nhiễm đất, nước ngầm, nước ao hồ và sông ngòi xung quanh…


Còn đối với các các cơ sở đang hoạt động gây ô nhiễm môi trường phải thực hiện một hay một số các biện pháp cần thiết có thể là: di dời đến địa điểm mới theo quy hoạch, tiến hành nâng cấp nhà xưởng, cải tiến công nghệ, áp dụng công nghệ sản xuất sạch hơn, xử lý nước thải… bảo đảm đạt các tiêu chuẩn môi trường bắt buộc áp dụng, các quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường liên quan đến cơ sở chế biến thủy sản.