Trên cơ sở các văn bản quy phạm pháp luật Nhà nước đã ban hành, Sở Tài nguyên và môi trường đã tham mưu UBND, HĐND tỉnh ban hành Nghị quyết số 08/2004/NQ-HĐND - KXVI về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải. Ngày 30/8/2004, UBND tỉnh đã ban hành Kế hoạch số 1814/KH-UB triển khai Nghị quyết số 08 của Hội đồng nhân dân tỉnh. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng cho việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải trên địa bàn tỉnh ta.


Trên cơ sở đề xuất, tham mưu của Sở Tài nguyên và môi trường, UBND tỉnh đã tổ chức hội nghị tập huấn để phổ biến, quán triệt, hướng dẫn các Sở, ban ngành, UBND các huyện, thành, thị và các doanh nghiệp lớn trên địa bàn tỉnh triển khai thực hiện Nghị quyết của HĐND và Kế hoạch của UBND tỉnh về thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt. Để thực hiện việc thu phí thuận lợi, Sở TN và MT đã mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước tỉnh để thu tiền phí từ đối tượng nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp; đồng thời thống kê, đôn đốc, hướng dẫn các đơn vị sản xuất công nghiệp lập tờ khai để thẩm định và  ra thông báo mức phí phải nộp cho các đơn vị, doanh nghiệp theo quy định. Đối với nước thải sinh hoạt, Sở đã có văn bản hướng dẫn đôn đốccác đơn vị cung cấp nước sinh hoạt và UBND cấp huyện triển khai thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt.


Năm 2005, Sở tiến hành tổ chức đo đạc, lấy mẫu phân tích nước thải lần 1 tại 100 doanh nghiệp lớn để xác định các thông số ô nhiễm chịu phí có trong nước thải công nghiệp, đồng thời lấy tờ khai, thẩm định bằng phần mềm quản lý, tính toán tải lượng và nồng độ ô nhiễm của các doanh nghiệp nhỏ để phục vụ thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp. Từ năm 2006 đến nay, định kỳ hàng quý, Sở tiếp tục yêu cầu, đôn đốc các đơn vị sản xuất trên địa bàn tỉnh kê khai nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp theo quy định; kiểm tra và tổ chức đo đạc xác định lại mức phí đối với những đơn vị có thay đổi về sản xuất cũng như thay đổi về hệ thống xử lý nước thải. Nhờ làm tốt công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các cơ sở công nghiệp trên địa bàn nên kết quả thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp hàng năm đều tăng cao; từ năm 2006 đến năm 2008 thu được 3.334 triệu đồng, trong đó năm 2006 thu được 589 triệu đồng, năm 2007 thu được 1.207 triệu  đồng, năm 2008 thu được 1.538 triệu đồng.


Bên cạnh việc thu phí nước thải công nghiệp, tình hình thu nộp phí nước thải sinh hoạt cũng có những chuyển biến tích cực. Hàng tháng, đơn vị cung cấp nước sạch trực tiếp thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải của các tổ chức, cá nhân đồng thời với việc thu tiền sử dụng nước sạch. Nhờ đó từ năm 2006 đến năm 2008, tổng số phí nước thải sinh hoạt thu được là 3.218 triệu đồng, cụ thể trong năm 2006 thu được 706 triệu đồng, năm 2007 thu được 1.149 triệu đồng, năm 2008 thu được 1.363 triệu   đồng.


Việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải có phạm vi điều chỉnh rộng, liên quan đến nhiều ngành, nhiều lĩnh vực sản xuất. Đối với địa bàn tỉnh Phú Thọ, việc thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải còn gặp rất nhiều khó khăn khi phần lớn các cơ sở sản xuất trên địa bàn tỉnh với quy mô vừa và nhỏ, thiết bị, công nghệ sản xuất lạc hậu, hoạt động không liên tục, sản xuất theo mùa vụ, nên việc xác định chính xác lưu lượng và nồng độ ô nhiễm có trong nước thải rất khó thực hiện.  ý thức chấp hành việc kê khai nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải của một số doanh nghiệp chưa cao. Nhiều doanh nghiệp né tránh không chịu kê khai, hoặc kê khai không đúng, không đủ, kê khai thấp hơn so với thực tế theo hướng có lợi cho doanh nghiệp. Việc xác định lưu lượng nước thải của các tổ chức, đơn vị dịch vụ tự khai thác nước để sử dụng rất khó khăn do không xác định được lượng nước tiêu thụ cũng là yếu tố ảnh hưởng tới kết quả thu phí nước thải.


Bên cạnh đó, theo Thông tư liên tịch số 125/2003/TTLT-BTC-BTNMT, việc thu phí nước thải sinh hoạt do đơn vị cung cấp nước sạch, UBND xã, phường triển khai và thực hiện quyết toán với Kho bạc, Chi cục Thuế. Do vậy, việc tổng hợp số phí thu được cũng như đôn đốc, kiểm tra thực hiện của  Sở Tài nguyên và Môi trường còn nhiều hạn chế.


Qua thực tế triển khai, thực hiện thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt đã cho thấy, một bộ phận người dân còn nhận thức sai lệch, cho rằng nước thải sinh hoạt không ảnh hưởng đến môi trường nên đã gây không ít khó khăn cho việc thu phí, nhất là ở các khu vực nông thôn. Tại những xã không có hệ thống cung cấp nước sạch đều chưa có quy định mức giá cho nước sinh hoạt, nên việc thu phí nước thải sinh hoạt đối với các đơn vị, tổ chức đóng trên địa bàn các xã không có cơ sở để thực hiện. Để nâng cao hơn nữa hiệu quả quản lý Nhà nước trong lĩnh vực thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải, trong thời gian tới, các địa phương cần tăng cường công tác phổ biến, giáo dục pháp luật, nhất là Luật Bảo vệ Môi trường đối với các cơ sở sản xuất công nghiệp và các cá nhân sử dụng nước sinh hoạt. Đây cũng là tiền đề quan trọng để tạo ra ý thức tự giác, tích cực của các tổ chức, cá nhân trong việc tham gia bảo vệ môi trường.