Hiện nay, công tác bảo vệ môi trường trên địa bàn huyện nói chung, công tác thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải ở các xã, thị trấn nói riêng còn nhiều hạn chế.  Trên địa bàn huyện còn 14/19 xã chưa tổ chức được công tác thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải sinh hoạt, rác thải. Xã An Đạo và Trạm Thản, UBND xã giao cho cá nhân đứng ra ký hợp đồng với khu dân cư sống tập trung quanh khu vực chợ và một vài khu dân cư tập trung khác thực hiện thu gom, vận chuyển về điểm tập trung rác thải của xã, của tỉnh để xử lý. Ở thị trấn Phong Châu, xã Phú Lộc, xã Phù Ninh, Hợp tác xã vệ sinh môi trường thị trấn Phong Châu đảm nhiệm thu gom rác thải sinh hoạt. Công tác thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải thải ở các xã, thị trấn đã góp phần giảm thiểu tình trạng ô nhiễm môi trường trên địa bàn huyện. Song, do lực lượng mỏng, phương tiện thu gom còn thô sơ, không đảm bảo an toàn, rơi vãi dọc đường, phạm vi hoạt động hẹp. Bên cạnh đó, nhận thức, ý thức và thói quen của nhân dân trên địa bàn huyện về công tác vệ sinh môi trường còn thấp; việc tổ chức thu gom rác chưa được thực hiện hàng ngày, lượng rác thải còn tồn đọng nhiều trong khu dân cư, tỷ lệ thu gom đạt rất thấp (thị trấn đạt 50%, các xã đạt 10%). Một bộ phận cơ sở kinh doanh dịch vụ, hộ gia đình, cá nhân còn vứt rác, xả rác tùy tiện gây ô nhiễm, suy giảm môi trường, gây bức xúc trong nhân dân và ảnh hưởng xấu đến dư luận xã hội. Hiện nay, trên địa bàn huyện Phù Ninh, có công ty THHH nhà nước một thành viên nhưng chưa xử lý được rác thải sinh hoạt trên địa bàn huyện mà mới chỉ xử lý rác thải của xã Trạm Thản. Dự báo trong những năm tới rác thải sinh hoạt hàng ngày một phát sinh nhiều, có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường làm ảnh hưởng trực tiếp đến sức khỏe của người dân, cản trở đến sản xuất, sinh hoạt và trở thành vấn đề bức xúc trong xã hội. Trước thực tế trên, UBND huyện xây dựng đề án: “Thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải giai đoạn 2015 – 2020” nhằm đánh giá thực trạng thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải giai đoạn 2010 – 2015, đồng thời đề ra mục tiêu, nhiệm vụ và giải pháp cụ thể trong việc thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải sinh hoạt trên địa bàn huyện để thực hiện và phân công trách nhiệm, nhiệm vụ cụ thể cho các ngành, các cấp, các tổ chức và các địa phương để cùng thực hiện nhằm giảm thiểu cơ bản tình trạng xả rác thải bừa bãi, giảm thiểu sự ô nhiễm môi trường do rác thải gây nên, góp phần hạn chế các dịch bệnh lây lan. Phấn đấu giai đoạn 2015 – 2017, huyện Phù Ninh hoàn thành 02 mô hình xử lý rác thải xã Phú Lộc và An Đạo, mua 01 xe ép rác 9 m3, 50 xe thu gom rác đẩy tay, mua 01 lò đốt rác công suất từ 500 kg/h, thành lập đội vệ sinh môi trường. Xây dựng Ban quản lý các công trình công cộng có đủ năng lực, phương tiện và công cụ dụng cụ để thu gom, vận chuyển và xử lý một cách hiệu quả nhất, đồng thời xã hội hóa công tác thu gom xử lý rác thải trên địa bàn huyện, huy động mọi nguồn lực, mọi thành phần để đầu tư vào công tác thu gom xử lý rác thải theo mô hình dịch vụ chuyên nghiệp. Giai đoạn 2017 - 2020, huyện Phù Ninh mở rộng mô hình xử lý rác thải sinh hoạt tại xã Phú Lộc thành khu xử lý tập trung của huyện, kết hợp với Công ty TNHH nhà nước một thành viên để thực hiện; mua thêm 01 xe ép rác 6 m3 và 01 lò đốt rác.

Đề án thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải sinh hoạt trên địa bàn huyện giai đoạn 2015 – 2020 là một nhiệm vụ cấp bách của các cấp, các ngành nhằm hạn chế mức độ gia tăng ô nhiễm, cải thiện chất lượng môi trường, nâng cao sức khỏe cộng đồng; xử lý được các điểm nóng về ô nhiễm môi trường, góp phần giảm cơ bản tình trạng suy thoái môi trường trên địa bàn huyện. Đề án này có tính khả thi cao, khi tổ chức triển khai sẽ tạo được sự đồng thuận, nâng cao được ý thức, phát huy được vai trò, trách nhiệm của các cấp, các ngành, các địa phương và của cả cộng đồng dân cư trong công tác bảo vệ môi trường nói chung và thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải sinh hoạt nói riêng.

Đề án được thực hiện sẽ góp phần nâng cao nhận thức, ý thức, trách nhiệm của người dân về công tác bảo vệ môi trường, đồng thời tạo mỹ quan đô thị, làng xã, nâng cao chất lượng cuộc sống của nhân dân, hướng tới một môi trường ngày càng xanh – sạch – đẹp.