Việc bà con nông dân thiếu hiểu biết, sử dụng phân bón (đặc biệt là phân hoá học) bừa bãi và thường là bón quá nhiều, dẫn tới ô nhiễm nguồn đất, nguồn nước và có thể gây đột biến gen một số loại cây trồng. Cùng đó là việc lạm dùng thuốc bảo vệ thực vật (BVTV), điều này không chỉ gây ô nhiễm môi trường mà nguy hiểm hơn đe doạ đến an toàn lương thực, thực phẩm cho con người.


Hậu quả của dịch bệnh toi gà, lở mồm long móng gia súc bùng phát mạnh mẽ thời gian trước, trong và sau tết Nguyên đán vừa qua. Tình trạng vứt bỏ xác gia súc, gia cầm bừa bãi làm cho người dân bị ô nhiễm nguồn nước sinh hoạt, ảnh hưởng đến môi trường sinh thái và mỹ quan của địa phương.


Dịch bệnh trong nuôi trồng thuỷ sản cũng từng làm điêu đứng nhiều hộ dân, một phần cũng do môi trường nuôi ô nhiễm gây thiệt hại lớn cho chính người dân. Bên cạnh đó, lượng rác thải phát sinh ở khu vực nông thôn là rất lớn, nhưng mới chỉ có một số nơi được thu gom xử lý theo đúng quy định. Do vậy, đất nông nghiệp đang bị ô nhiễm kim loại nặng nề do chất thải từ các khu công nghiệp, làng nghề, phân bón hoá học, thuốc bảo vệ thực vật một cách tràn lan, ngành chăn nuôi không được quy hoạch xử lý nguồn thải đúng quy định mà đổ thẳng ra sông, ngòi, ao, hồ. Các làng nghề thải chất thải kim loại nặng xả vào nguồn nước, người dân ở đó lại lấy ăn khiến hàm lượng kim loại trong máu cao gấp nhiều lần. Thì người dân sẽ chìm trong sự ô nhiễm môi trường và dịch bệnh.


Môi trường đang có chiều hướng xấu đi, mức độ suy thoái về đất, nước trở thành những vấn đề cấp bách. Nếu không giải quyết kịp thời, ngành nông nghiệp khó có thể phát triển bền vững. Không thể có nền nông nghiệp sạch nếu đất bẩn, nước bẩn, môi trường sinh thái ô nhiễm.