Đối với Công ty nông nghiệp: Thực hiện Nghị định số 170/2004/NĐ-CP ngày 22/9/2004 của Chính phủ về sắp xếp, đổi mới và phát triển các nông trường quốc doanh, ngày 10/11/2005, UBND tỉnh có Quyết định số 3085/QĐ-UBND về việc giao doanh nghiệp nhà nước là Công ty Chè Phú Thọ cho tập thể người lao động quản lý và chuyển đổi thành công ty cổ phần, Công ty là doanh nghiệp nhà nước hoạt động theo Luật doanh nghiệp.  

Hiện tại, Công ty đang quản lý 1.090 lao động, trong đó: lao động nhận khoán vườn chè là 756 người; lao động sản xuất, chế biến chè là 225 người; lao động quản lý là 109 người, tại Công ty và các Nhà máy chè: Ngọc Đồng, Hưng Long và Cẩm Khê. 

Tình hình quản lý, sử dụng đất: Trước năm 2004, theo các Quyết định giao đất của UBND tỉnh, tổng diện tích Công ty được giao quản lý, sử dụng là 4.031,91 ha. Sau khi rà soát, kiểm tra, UBND tỉnh đã thu hồi diện tích đất cấp trùng, giao trùng, bị lấn chiếm, đất ở của Công ty 2.207,15 ha; Bên cạnh đó, để chuyển đổi, phát triển kinh tế nông nghiệp, vừa qua UBND tỉnh đã quyết định thu hồi 43,13 ha giao cho Công ty TNHH MTV chăn nuôi Vạn Thắng để thực hiện dự án chăn nuôi bò thịt áp dụng công nghệ cao. 

Do quá trình quản lý, sử dụng và khi thực hiện diện giao đất trước đây theo số liệu, tài liệu không chính xác; Hiện nay sau khi rà soát, số hoá lại bản đồ, đến nay công ty chỉ còn quản lý tổng diện tích là 1.190,39 ha, chiếm 72,6% so với tổng diện tích đất được Nhà nước giao trên hồ sơ pháp lý (trong đó: tại huyện Cẩm Khê: 131,69 ha; tại huyện Yên Lập 553,02 ha; tại huyện Thanh Sơn 505,20 ha; tại thành phố Việt Trì 0,48 ha (vị trí này Công ty đã chuyển nhượng tài sản trên diện tích 0,45 ha đất cho Công ty TNHH Hải Linh). 

Trong tổng diện tích 1.190,39 ha Công ty quản lý, Công ty đã buông lỏng quản lý và để các hộ công nhân và các hộ dân địa phương lấn chiếm tổng diện tích 215,73 ha và sử dụng vào mục đích làm nhà ở và nhiều mục đích khác (huyện Cẩm Khê: diện tích 92,52 ha; huyện Yên Lập: diện tích 11,28 ha; huyện Thanh Sơn: diện tích 111,93 ha). 

Đối với Công ty lâm nghiệp: Năm 2003, tỉnh Phú Thọ có 9 lâm trường quốc doanh trực thuộc Tổng Công ty giấy Việt Nam.Thực hiện Quyết định số 668/QĐ-TTg ngày 31/5/2007 của Chính phủ phê duyệt Đề án chuyển đổi các lâm trường quốc doanh, chuyển đổi toàn bộ 09 lâm trường thành 09 Công ty lâm nghiệp và Quyết định số 346/QĐ-TTg ngày 22/02/2013 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đề án tái cơ cấu Tổng Công ty Giấy Việt Nam giai đoạn 2013-2015 sáp nhập Công ty lâm nghiệp A Mai vào Công ty lâm nghiệp Yên Lập thành Công ty lâm nghiệp Yên Lập. Đến nay, trên địa bàn tỉnh Phú Thọ có 8 Công ty lâm nghiệp (bao gồm: Yên Lập, Đoan Hùng, Sông Thao, Tam Thắng, Tam Sơn, Xuân Đài, Thanh Hòa, Tam Thanh) hoạt động trên địa bàn các huyện Tân Sơn, Thanh Sơn, Yên Lập, Hạ Hòa, Đoan Hùng, Cẩm Khê, Tam Nông của tỉnh Phú Thọ. Hiện tại 8 Công ty lâm nghiệp có trên 850 cán bộ, công nhân viên lao động, sản xuất.

Tình hình quản lý, sử dụng đất:

Theo hồ sơ về đất đai (Theo GCNQSDĐ đất và các quyết định giao đất) của Tổng Công ty Giấy Việt nam, tổng diện tích được giao tại 8 đơn vị trực thuộc là 32.570,2 ha (trong đó: Công ty LN Yên Lập 4.999,0ha; Công ty LN Tam Thắng 4.561,0 ha; Công ty LN Tam Sơn 10.903,1 ha; Công ty LN Xuân Đài 6.093,1ha; Công ty LN Tam Thanh 490,0 ha; Công ty LN Đoan Hùng  2.064,4 ha; Công ty LN Thanh Hoà 1.308,9 ha; Công ty LN Sông Thao 2.150,7 ha).

Sau khi sắp xếp, đổi mới rà soát, kiểm tra, UBND tỉnh Phú Thọ đã thu hồi chuyển giao về địa phương quản lý 18.004,40 ha (bao gồm: đất chưa sử dụng, đất bị lấn chiếm, tranh chấp, diện tích đất giao trùng, cấp trùng với dân). Năm 2013, UBND tỉnh Phú Thọ phê duyệt Dự án cắm mốc ranh giới, đo đạc mốc và đường ranh giới sử dụng đất của các Công ty Nông lâm nghiệp trên địa bàn tỉnh tại Quyết định số 2974/QĐ-UBND ngày 19/11/2013. Diện tích đất thực tế sử dụng theo số liệu cắm mốc giới của các Công ty lâm nghiệp hiện nay là 13.809,08 ha, (trong đó: Công ty LN Yên Lập 2.615,20ha; Công ty LN Tam Thắng 1.769,70 ha; Công ty LN Tam Sơn 3.189,50 ha; Công ty LN Xuân Đài 2.427,23 ha; Công ty LN Tam Thanh 452,95 ha; Công ty LN Đoan Hùng  1.431,80 ha; Công ty LN Thanh Hoà 930,00 ha; Công ty LN Sông Thao 992,70.ha).

Trong tổng diện tích 13.809,08 ha đất của các công ty LN, diện tích đất thực tế sử dụng là 12.644,55 ha; diện tích đất tranh chấp, bị lấn chiếm là 357,3 ha và diện tích đất giao trùng, cấp trùng là 737,23 ha.

Sau khi rà soát, Sở Tài nguyên và Môi trường đã tổ chức hội nghị thảo luận cùng các sở ngành liên quan, các Công ty nông, lâm nghiệp và UBND các huyện có đất nông, lâm trường để thống nhất, đề xuất UBND tỉnh chỉ đạo các địa phương và doanh nghiệp cần tăng cường công tác quản lý về đất đai trên địa bàn; tiếp tục đổi mới cơ chế hoạt động, tập trung đầu tư vốn, khoa học công nghệ cho sản xuất kinh doanh, tập trung vào khâu giống và chế biến nông, lâm sản; tiếp tục đề nghị Ban đổi mới doanh nghiệp Trung ương, Bộ Công Thương chỉ đạo Tổng Công ty Giấy Việt nam trả lại cho tỉnh Phú Thọ diện tích đất sử dụng không đúng mục đích, kém hiệu quả và diện tích để phục vụ các mục đích phát triển kinh tế xã hội, các dự án nông nghiệp công nghệ cao mang lại hiệu quả kinh tế thiết thực hơn.