Tuy nhiên, dù có nhiều bước tiến vượt bậc nhưng việc quản lý, bảo vệ, sử dụng tài nguyên nước vẫn còn tồn tại những bất cập như nguy cơ làm suy thoái, ô nhiễm nguồn nước; Chất lượng các nguồn nước đang bị suy giảm ngày càng nghiệm trọng, ảnh hưởng tiêu cực đến chất lượng cuộc sống đặc biệt là các nguồn nước dùng cho sinh hoạt; Chưa có quy định cụ thể về việc san lấp các hồ chứa nước phục vụ thủy lợi và điều tiết nước dẫn đến áp lực đối với việc điều tiết nước và chống ngập úng cục bộ cho các địa phương trên địa bàn tỉnh.

Để khắc phục bất cập trong việc bảo vệ, khai thác, sử dụng có hiệu quả và phát triển bền vững nguồn tài nguyên nước phục vụ quá trình phát triển Kinh tế - Xã hội của tỉnh; nhiệm vụ trọng tâm của ngành tài nguyên nước trong thời gian tới bên cạnh việc thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong lĩnh vực quản lý tài nguyên nước và khí tượng thuỷ văn gồm: Tham mưu soạn thảo trình UBND tỉnh ban hành các văn bản cụ thể hóa quy định của Chỉnh phủ, các bộ, ngành Trung ương về tài nguyên nước phù hợp với điều kiện trên địa bàn tỉnh; Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, hướng dẫn các tổ chức, cá nhân hoạt động thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước, hành nghề khoan nước dưới đất trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật; Kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm pháp luật về tài nguyên nước theo quy định; Phối hợp các tổ chức đoàn thể, chính quyền địa phương và cơ quan báo, đài trong tỉnh tổ chức tuyên truyền, phổ biến quy định của pháp luật về tài nguyên còn cần phải thực hiện các nhiệm vụ như: Quy hoạch tài nguyên nước tỉnh Phú Thọ 2015-2025, tầm nhìn 2030; Xây dựng và tổ chức thực hiện nhiệm vụ điều tra, khảo sát, lập, công bố danh mục các nguồn nước phải lập hành lang bảo vệ; công bố danh mục hồ, ao, đầm, phá không được san lấp trên địa bàn tỉnh theo yêu cầu của Khoản 7, Điều 60 Luật Tài nguyên nước và Nghị định số 43/2015/NĐ-CP ngày 06 tháng 03 năm 2015. Để thực hiện tốt nhiệm vụ này đòi hỏi đội ngũ cán bộ công chức ngành tài nguyên môi trường đặc biệt đội ngũ cán bộ ngành tài nguyên nước phải nâng cao hơn nữa năng lực quản lý, trình độ chuyên môn, phối hợp nhịp nhàng giữa cơ quan chuyên môn các cấp và các ngành trên địa bàn tỉnh đáp ừng yêu cầu ngày càng cao của công tác quản lý.