- Đối với Thông tư số 03/2012/TT-BTNMT ngày 12/4/2012 của Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định việc quản lý, sử dụng đất vùng bán ngập lòng hồ thủy điện, thủy lợi:

 Tỉnh Phú Thọ có đặc điểm là tỉnh miền núi, trung du nên các vùng ngập của hồ đập chứa nước ở các vị trí cao, độ dốc lớn chủ yếu phục vụ công tác tưới tiêu cho canh tác sản xuất của người dân, do vậy hầu hết các vùng bán ngập của lòng hồ, đập thủy lợi hầu hết không sử dụng được. Mặt khác, trên địa bàn tỉnh chưa thực hiện việc cắm mốc giới, xác định hành lang bảo vệ hồ chứa và phạm vi bảo vệ đập nên chưa thực hiện bàn giao mốc cho cấp xã, vì vậy chưa xác định được diện tích đất bán ngập để làm các thủ tục cho thuê theo quy định.

-  Đối với Thông tư số 09/2013/TT-BTNMT ngày 08/5/2013 quy định về quản lý, sử dụng đất bãi bồi ven sông, đất bãi bồi ven biển, đất có mặt nước ven biển:

+ Đối với thẩm quyền của cấp tỉnh: Trên địa bàn tỉnh Phú Thọ đến nay chưa ban hành quyết định giao đất, cho thuê đất bãi bồi ven sông để sử dụng vào mục đích sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng thủy sản cho tổ chức, cá nhân nào sử dụng. Phần diện tích đất bãi bồi ven sông hiện nay chủ yếu do UBND các xã, thị trấn cho các hộ gia đình, cá nhân thuê để sản xuất nông nghiệp.

+ Đối với thẩm quyền cấp huyện: Qua rà soát, thống kê diện tích đất bãi bồi ven sông đã giao, cho thuê và cho phép chuyển mục đích sử dụng thuộc thẩm quyền cấp huyện trên địa bàn tỉnh là 251,56 ha. Trong đó:

Diện tích đất đã giao: 222,25 ha

Diện tích đã cho thuê: 18,42 ha

Diện tích đất đã cho phép chuyển mục đích sử dụng: 10,89 ha

+ Đối với thẩm quyền cấp xã: Tổng diện tích đất đã cho thuê, đấu thầu và đất khác thuộc thẩm quyền cấp xã là 1.168,17 ha. Trong đó:

Diện tích đã đấu thầu: 361,38 ha

Diện tích đã cho thuê: 385,44 ha

Diện tích đất khác: 421,35 ha (chủ yếu là diện tích đất chưa đưa vào sử dụng hoặc cát non chưa cải tạo để đưa vào sử dụng).

- Diện tích đất vùng bán ngập lòng hồ, thủy lợi và đất bãi bồi ven sông chưa được thống kê, kiểm kê, đo đạc, lập hồ sơ quản lý và cắm mốc giới.

- Hầu hết các chủ sử dụng, hồ đập chưa chủ động phối hợp với UBND cấp huyện và các Sở, ban, ngành để lập Phương án kỹ thuật cắm mốc giới, xác định hành lang bảo vệ hồ chứa và phạm vi bảo vệ đập.

- Việc sử dụng đất bãi bồi ven sông trên địa bàn tỉnh còn chưa hiệu quả và không ổn định do dòng chảy không ổn định nên thường xuyên bị sạt lở, khó khăn cho công tác quản lý quỹ đất này.

- Hàng năm vào mùa mưa lũ, một số diện tích đất bãi bồi bị sạt lở, ngập nước ảnh hưởng đến canh tác sản xuất của nhân dân. Mặt khác, thời hạn giao khoán thầu ngắn (01 năm đến 03 năm) nên một số hộ được giao khoán thầu chưa yên tâm sản xuất.

- Chưa có nguồn kinh phí tổ chức thực hiện việc kiểm kê, thống kê, đo đạc, lập hồ sơ quản lý; công tác kiểm tra thực địa, thẩm định hồ sơ đối với vùng đất bán ngập hồ thủy điện, thủy lợi và đất bãi bồi ven sông.