Nhằm khắc phục những bất cập, mở đường cho các hoạt động hướng đến mục tiêu bảo vệ, khai thác hiệu quả, tiết kiệm, phát triển bền vững Tài nguyên nước quốc gia, tạo động lực phát triển bền vững nền kinh tế nhiều thành phần phù hợp với điều kiện kinh tế, xã hội của đất nước, Quốc hội khoá XIII, kỳ họp thứ 3 đã thông qua Luật Tài nguyên Nước số 17/2012/QH13 ngày 21 tháng 6 năm 2012.

Luật Tài nguyên Nước số 17/2012/QH13 có 10 chương 79 Điều (nhiều hơn 04 điều so với Luật Tài nguyên Nước số 08/1998/QH10) về cơ bản đã đáp ứng được yêu cầu chung về quản lý tài nguyên nước trong gian đoạn hiện nay và trong thời gian tới. Luật Tài nguyên Nước mới đã bổ sung một số điểm mới như sau:

1. Về quy định chung: Ngoài việc điều chỉnh, bổ sung một số nội dung về phạm vi điều chỉnh, nguyên tắc quản lý, bảo vệ, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra khẳng định tài nguyên nước là tài sản của nhà nước, thực hiện chủ trương kinh tế hóa, khai thác, sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả và thực hiện quản lý tổng hợp, thống nhất tài nguyên nước theo lưu vực sông kết hợp với quản lý theo địa bàn hành chính. Luật Tài nguyên Nước mới đã bổ sung một số điểm mới nổi bật như: Phổ biến giáo dục về tài nguyên nước - Điều 5; Lấy ý kiến của cộng đồng dân cư và tổ chức cá nhân liên quan trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước - quy định chi tiết tại Điều 6 - theo đó Tổ chức, cá nhân đầu tư dự án trong đó có xây dựng công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước hoặc có hoạt động xả nước thải vào nguồn nước có ảnh hưởng lớn đến sản xuất, đời sống của nhân dân trên địa bàn có trách nhiệm phối hợp với chính quyền địa phương tiến hành các hoạt động lấy ý kiến đại diện cộng đồng dân cư và tổ chức, cá nhân liên quan trên địa bàn bị ảnh hưởng về những nội dung liên quan đến phương án khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước của dự án; tổng hợp, tiếp thu, giải trình và gửi kèm theo hồ sơ của dự án khi trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định việc đầu tư; Công khai thông tin về những nội dung liên quan đến khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước của dự án và những ảnh hưởng có thể gây ra trước khi triển khai thực hiện; trường hợp dự án đầu tư có chuyển nước thì ngoài việc thực hiện các quy định trên, tổ chức, cá nhân đầu tư dự án còn phải lấy ý kiến của ủy ban nhân dân, tổ chức lưu vực sông về quy mô, phương án chuyển nước trước khi lập dự án đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư xây dựng hồ, đập trên sông thuộc lưu vực sông liên tỉnh mà không có chuyển nước trước khi lập dự án đầu tư, tổ chức, cá nhân đầu tư dự án còn có trách nhiệm lấy ý kiến của ủy ban nhân dân cấp tỉnh có liên quan và tổ chức lưu vực sông về quy mô, phương án đề xuất xây dựng công trình trên dòng chính; thông báo trước với ủy ban nhân dân cấp tỉnh có liên quan và tổ chức lưu vực sông về quy mô, phương án đề xuất xây dựng công trình trên dòng nhánh.

2. Về điều tra cơ bản, Chiến lược, Quy hoạch tài nguyên nước:

Đây là nội dung mới được bổ sung trong Luật Tài nguyên Nước số 17/2012/QH13 Chương này bao gồm những quy định về công tác điều tra cơ bản tài nguyên nước và quản lý TNN theo chiến lược, quy hoạch, gồm các quy định về: trách nhiệm của Nhà nước trong điều tra cơ bản tài nguyên nước; quy hoạch tổng thể điều tra cơ bản tài nguyên nước; các hoạt động điều tra cơ bản tài nguyên nước; chiến lược tài nguyên nước; quy hoạch tài nguyên nước; nguyên tắc, căn cứ lập quy hoạch tài nguyên nước; nội dung của các loại quy hoạch tài nguyên nước chung của cả nước; quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông liên tỉnh, nguồn nước liên tỉnh và quy hoạch tài nguyên nước của tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; đồng thời quy định rõ việc tổ chức thực hiện điều tra cơ bản tài nguyên nước; trách nhiệm lập, phê duyệt quy hoạch tài nguyên nước và công bố, tổ chức thực hiện quy hoạch tài nguyên nước.

3. Về khai thác, sử dụng tài nguyên nước: Luật Tài nguyên Nước số 17/2012/QH13 đã bổ sung các quy định về khai thác, sử dụng tài nguyên nước phải tiết kiệm, an toàn, có hiệu quả, bảo đảm sử dụng tổng hợp, đa mục tiêu, công bằng, hợp lý, hài hòa lợi ích, bình đẳng về quyền lợi và nghĩa vụ giữa các tổ chức, cá nhân. Trong đó Luật Tài nguyên Nước mới đã bổ sung và làm rõ những ưu đãi đối với hoạt động sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả như: Tổ chức, cá nhân đầu tư sử dụng nước tuần hoàn, tái sử dụng nước, thu gom, sử dụng nước mưa, sử dụng nước được khử muối từ nước lợ, nước mặn, đầu tư thiết bị, công nghệ tiết kiệm nước, được vay vốn ưu đãi và miễn, giảm thuế theo quy định của pháp luật (khoản 1, Điều 41).

4. Về tài chính về tài nguyên nước:

Đây là nét mới nổi bật của luật Tài nguyên nước mới, Luật Tài nguyên nước số 17/2012/QH13 đã đưa tài chính về tài nguyên nước thành một Chương gồm có 02 Điều (Điều 64 và Điều 65) trong đó Điều 65 quy định một số trường hợp khai thác sử dụng tài nguyên nước ngoài việc phải đóng thuế tài nguyên nước và các khoản  thuế khác theo quy định của pháp luật về thuế; các loại phí, lệ phí theo quy định của pháp luật về phí lệ phí còn phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước như: Khai thác nước để phát điện có mục đích thương mại; khai thác nước để phục vụ hoạt động kinh doanh, dịch vụ, sản xuất phi nông nghiệp; khai thác nước dưới đất để trồng cây công nghiệp, chăn nuôi gia súc, nuôi trồng thủy sản tập trung với quy mô lớn.

Quy định này nhằm coi nước là tài sản quốc gia, bảo đảm lợi ích của nhà nước với tư cách đại diện chủ sở hữu TNN, nâng cao ý thức và trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trong việc khai thác, sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả và bảo đảm sự công bằng.

Ngoài những nội dung nổi bật trên Luật Tài nguyên Nước số 17/2012/QH13  tại Điều 77 cũng đã quy định kể từ ngày Luật TNN mới có hiệu lực, việc hành nghề khoan nước dưới đất, thăm dò, khai thác, sử dụng TNN, xả nước thải vào nguồn nước, các tổ chức, cá nhân được cấp giấy phép theo quy định của Luật TNN năm 1998 được tiếp tục thực hiện đến hết thời hạn ghi trong giấy phép nhưng phải nộp tiền cấp quyền khai thác TNN theo quy định của Luật TNN mới đối với phần còn lại của thời hạn ghi trong giấy phép.