Thực trạng về ô nhiễm môi trường do rác thải sinh hoạt của cộng đồng dân cư thải ra môi trường hiện nay là rất nghiêm trọng ảnh hưởng trực tiếp đến sức khỏe con người, đến sản xuất kinh doanh dịch vụ và sản xuất nông, lâm nghiệp trên địa bàn huyện. Ra đường là nhìn thấy rác thải, xuống mương nội đồng người dân vứt các vỏ bao bì, vỏ thuốc bảo vệ thực vật bừa bãi trên đường. Nhận thức rõ được tình trạng ô nhiễm môi trường nêu trên, UBND huyện Phù Ninh đã xin chủ trương của UBND tỉnh đầu tư kinh phí cho huyện xây dựng 02 điểm thu gom và xử lý rác thải sinh hoạt ở xã An Đạo và xã Phú Lộc. Hiện nay, mô hình xử lý rác thải sinh hoạt xã An Đạo đã hoàn thành một số hạng mục như: San lấp mặt bằng, hoàn thành phần thô nhà phân loại rác, lò xử lý rác, nhà trực và để công cụ, dụng cụ. Giá trị thực hiện đến hết năm 2014 là 848 triệu đồng. Hiện tại đang thiếu kinh phí để triển khai hoàn thiện nhà phân loại rác, lò xử lý rác, nhà trực và để công cụ, dụng cụ, thi công sân bê tông, cổng tường rào, hệ thống thoát nước.

Mô hình xử lý rác thải sinh hoạt xã Phú Lộc đang triển khai các hạng mục công trình, giá trị thực hiện đến hết năm 2014 đạt 842 triệu đồng. Như đường giao thông vào điểm thu gom rác đã triển khai thi công xong phần nền đường. Nhà thầu thi công đang triển khai thi công hệ thống thoát nước. Hiện nay, Ban quản lý công trình công cộng đang xin ý kiến UBND tỉnh cho chuyển đổi từ công nghệ lò đốt ủ sang công nghệ lò đốt rác thải bằng khí tự nhiên. Khi được tỉnh phê duyệt sẽ triển khai xây dựng ngay để sớm đưa công trình vào sử dụng.

Ngoài hai điểm trên UBND huyện cũng xây dựng kế hoạch xây dựng 7 điểm thu gom rác thải ở 7 xã: Lệ Mỹ, Bảo Thanh, Tiên Du, Phú Nham, Phù Ninh, Tử Đà, Vĩnh Phú đã bố trí kinh phí cho mỗi xã là 50.000.000 đồng trích từ tiền sử dụng đất ngân sách xã được hưởng.

Năm 2015 phòng Tài nguyên và Môi trường sẽ xây dựng kế hoạch tiếp tục triển khai thêm 5 xã gồm xã Phú Mỹ, Liên Hoa, Hạ Giáp, Bình Bộ, Tiên Phú. Ban quản lý công trình công cộng huyện cũng đang khẩn trương hoàn thành đề án thu gom, xử lý rác thải trên địa bàn huyện trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện một cách đồng bộ từ cấp huyện xuống xã, thị trấn trong thời gian sớm nhất, góp phần giảm thiểu ô nhiễm môi trường trên địa bàn huyện.

Để khắc phục những tồn tại trên đề nghị cấp ủy, chính quyền cùng các ban, ngành, đoàn thể từ cấp huyện đến các xã, thị trấn phải thường xuyên tổ chức tuyên truyền Luật Bảo vệ Môi trường để nhân dân nhận thức đầy đủ mối nguy hại của các hành vi gây ô nhiễm môi trường, sẽ ảnh hưởng đến sức khỏe con người và sự phát triển kinh tế, để nhân dân đồng thuận thực hiện việc xã hội hóa cùng bảo vệ môi trường ngay từ trong mỗi gia đình và xã hội. Đồng thời cần phải có chế tài xử phạt đối với các cá nhân, đơn vị xả rác bừa bãi, không đúng nơi quy định nhằm nâng cao ý thức của người dân. Cần có cán bộ chuyên trách về vệ sinh môi trường ở cấp cơ sở, nâng cao năng lực quản lý rác thải từ cấp huyện đến cấp xã. Thành lập các tổ hoạt động bảo vệ môi trường; tăng cường hiệu quả của công tác phân loại, thu gom và đổ rác thải có hiệu quả.