Đặc biệt, sự phát triển của các khu công nghiệp Việt Trì, Lâm Thao, Bãi Bằng, Thanh Ba, Hạ Hoà.... bao gồm phần lớn các cơ sở công nghiệp được xây dựng từ đầu thập kỷ 60, trải qua quá trình khai thác khá dài, đến nay hầu hết công nghệ đều đã lạc hậu, mức độ ô nhiễm lớn và khả năng khắc phục rất khó khăn, gây sức ép nặng nề cho môi trường và sức khoẻ của nhân dân.

Nhận thức rõ tầm quan trọng và tính đặc thù môi trường của tỉnh, trong những năm qua được sự quan tâm chỉ đạo của Tỉnh uỷ, HĐND, UBND tỉnh, Bộ Tài nguyên và Môi trường. Sở Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với các Sở, Ban, Ngành, địa phương triển khai làm tốt công tác quản lý bảo vệ Môi trường trên địa bàn tỉnh, cụ thể:

 Thường xuyên phổ biến truyên truyền thực hiện Luật BVMT, các văn bản pháp luật về bảo vệ môi trường, tổ chức học tập quán triệt Nghị quyết 41 NQ/TW của Bộ Chính trị về bảo vệ môi trường trong thời kỳ đẩy mạnh CNH - HĐH đất nước; Triển khai cụ thể hoá chương trình thực hiện Quyết định 256/2003/ QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về chiến lược bảo vệ môi trường quốc gia đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020. Tham mưu cho Tỉnh uỷ ban hành Chỉ thị số 32 CT/TU ngày 25/5/2005 về triển khai thực hiện Nghị quyết 41 NQ/TW của Bộ chính trị về BVMT trong thời kỳ đẩy mạnh CNH - HĐH đất nước. Tham mưu cho UBND tỉnh ban hành Quy hoạch bảo vệ Môi trường tỉnh Phú Thọ giai đoạn 2003 - 2015; Chiến lược Bảo vệ môi trường tỉnh Phú Thọ đến năm 2015 và định hướng đến năm 2020 phục vụ phát triển kinh tế xã hội của tỉnh; Chương trình hành động số 1751/CTr-UBND, ngày 14/9/2006 về bảo vệ môi trường giai đoạn 2006 - 2010 và định hướng tới năm 2015; Quyết định số 3485/2007/QĐ-UBND ngày 25/12/2007 về Quy định một số điểm cụ thể về bảo vệ môi trường và kiểm soát ô nhiễm đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ và khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung....để tổ chức thực hiện. Triển  khai xây dựng báo cáo hiện trạng môi trường hằng năm, báo cáo tổng quan hiện trạng môi trường tỉnh Phú Thọ giai đoạn 2001 - 2005 và giai đoạn 2006 - 2010, lập dự án xác định mạng lưới điểm quan trắc và thực hiện lấy mẫu phân tích, cảnh báo môi trường hàng năm giai đoạn 2006- 2010; Dự án điều tra đánh giá tình hình ô nhiễm tại các vùng nhạy cảm về môi trường trên địa bàn tỉnh; Dự án mạng lưới quan trắc, phân tích, cảnh báo môi trường hàng năm trên địa bàn tỉnh Phú Thọ từ năm 2011 - 2015; Dự án điều tra đánh giá tài nguyên đa dạng sinh học vùng đất ngập nước Đầm Ao Châu; Dự án Chiến lược bảo vệ môi trường tỉnh Phú Thọ giai đoạn 2006 - 2010 và định hướng tới năm 2020; Dự án Khảo sát, điều tra, thống kê CTR nguy hại, CTR thông thường phục vụ công tác quản lý môi trường và thu phí bảo vệ môi trường đối với chất thải rắn trên địa bàn tỉnh Phú Thọ .... 

Công tác thẩm định báo cáo ĐTM đã được chấn chỉnh và đi vào hoạt động nề nếp. Tính đến hết tháng 4 năm 2013 đã thẩm định và trình cấp có thẩm quyền phê duyệt được 266 Báo cáo ĐTM của các cơ sở, dự án đầu tư. Đối với các cơ sở sản xuất, kinh, dịch vụ đã hoạt động mà chưa có báo cáo ĐTM được yêu cầu phải lập Đề án bảo vệ môi trường để kiểm tra xác nhận, phê duyệt theo quy định làm cơ sở bổ sung các giải pháp khắc phục và bảo vệ môi trường, đồng thời làm căn cứ cho cơ quan quản lý kiểm soát, tính đến hết 4/2013 đã thẩm định và phê duyệt 53 đề án bảo vệ môi trường. Xem xét hồ sơ và cấp giấy xác nhận đủ điều kiện sử dụng, nhập khẩu phế liệu phục vụ sản xuất chặt chẽ, đúng quy định, tính đến tháng 5/2013 đã cấp cho 4 đơn vị, doanh nghiệp (Giấy xác nhận đủ điều kiện nhập khẩu phế liệu chỉ có giá trị trong vòng 3 năm kể từ ngày ký). Hướng dẫn, đôn đốc các đơn vị kê khai, lập hồ sơ đăng ký để cấp phép quản lý, vận chuyển, xử lý chất thải nguy hại theo quy định của Bộ Tài nguyên & Môi trường, tính đến tháng 5/2013 đã cấp sổ đăng ký chủ nguồn thải chất thải nguy hại cho 233 đơn vị, doanh nghiệp. Đẩy mạnh việc thực hiện các giải pháp giảm thiểu ô nhiễm trong khai thác, chế biến khoáng sản, bắt buộc các cơ sở hoạt động khai thác khoáng sản phải thực hiện lập đề án ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường sau khi kết thúc quá trình khai thác. Tổ chức thu phí bảo vệ môi trường nước thải công nghiệp theo Nghị định 67/2003/NĐ-CP của Chính phủ, tính đến hết tháng 4 năm 2013 tổng số phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp thu được 7,305 tỷ đồng. 

Tổ chức thực hiện Quyết định 64/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về xử lý triệt để cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Hiện nay đã có 6/7 cơ sở (đạt 85,7%) hoàn thành đầu tư các hạng mục công trình xử lý môi trường nghiêm trọng theo Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg và được chứng nhận rút ra khỏi Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg.

Thanh kiểm tra khảo sát đánh giá mức độ ô nhiễm tại các khu vực trọng điểm ô nhiễm do các cơ sở sản xuất hoá chất, kho thuốc bảo vệ thực vật, lập dự án cải thiện môi trường đảm bảo sức khoẻ cho nhân dân. Trong đó diển hình là việc xử lý ô nhiễm môi trường do kho thuốc trừ sâu cũ tại xã Yên Tập, huyện Cẩm Khê; dự án cấp nước sạch xã Thạch Sơn, huyện Lâm Thao (làng ung thư) đồng thời tăng cường giám sát và có biện pháp xử lý các cơ sở sản xuất gây ô nhiễm môi trường như công ty TNHH Toàn Năng, Nhà máy xi măng Hữu Nghị, Công ty CP giấy Lửa Việt.... 

Chỉ đạo tổ chức các hoạt động hưởng ứng các ngày kỷ niệm về môi trường hàng năm như Ngày Đất ngập nước thế giới, Giờ Trái đất, Tuần lễ nước sạch vệ sinh môi trường 29/4 - 6/5, Ngày Môi trường thế giới 5/6; Chiến dịch làm cho thế giới sạch hơn .... Tích cực tổ chức các hoạt động xã hội hoá về bảo vệ môi trường, tuyên truyền phát động phong trào bảo vệ tài nguyên môi trường rộng khắp trong nhân dân.

Củng cố tăng cường hệ thống bộ máy quản lý về bảo vệ môi trường từ tỉnh đến cơ sở. Năm 2009, cấp tỉnh đã được thành lập Chi cục bảo vệ Môi trường thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường trên cơ sở nâng cấp phòng Quản lý Môi trường, tăng số biên chế cán bộ chuyên môn từ 6 người lên 16 người; từng bước bồi dưỡng nâng cao trình độ nghiệp vụ chuyên môn cho đội ngũ cán bộ, công chức thực hiện nhiệm vụ được giao và đã ổn định tổ chức đi vào hoạt động.

Thực tế công tác quản lý bảo vệ môi trường trên địa bàn tinh đã có chuyển biến tích cực hiệu quả: Đã cụ thể hoá các văn bản chỉ đạo, cụ thể hoá được các nội dung nhiệm vụ quản lý về bảo vệ môi trường ở địa phương thể hiện sự quan tâm và tăng cường chỉ đạo của chính quyền, trở thành yêu cầu nhiệm vụ trọng tâm thường xuyên để đưa quản lý bảo vệ môi trường đi vào nề nếp. ở địa phương đã trú trọng thực hiện phương châm: Đẩy mạnh phát triển kinh tế xã hội gắn với tăng cường bảo vệ môi trường để phát triển bền vững. Các nội dung nhiệm vụ quản lý bảo vệ môi trường ở địa phương đã có chiều sâu, từ công tác triển khai thực hiện phòng ngừa, bảo vệ, đến việc xử lý khắc phục ô nhiễm. Đã tập trung giải quyết được cơ bản các điểm bức xúc về ô nhiễm môi trường trên địa bàn tỉnh. Đồng thời tăng cường năng lực quản lý, tham mưu đề xuất của các cơ quan chuyên môn về môi trường các cấp. Đẩy mạnh sự phối hợp và trách nhiệm các sở ngành, các cấp trong công tác quản lý bảo vệ môi trường. Đã có bước thực hiện việc xã hội hoá về công tác bảo vệ môi trường có hiệu quả. ở nhiều nơi, cả ở đô thị và vùng nông thôn môi trường đã có sự cải thiện. Môi trường chung trên địa bàn của tỉnh căn bản bền vững đang ngày được bổ sung làm xanh, sạch thêm, góp phần vào sự phát triển bền vững chung của cả nước.