Cơ sở y tế quy định tuyến đường và thời điểm thu gom chất thải lây nhiễm phù hợp để hạn chế ảnh hưởng đến khu vực chăm sóc người bệnh và khu vực khác trong cơ sở y tế. Chất thải có nguy cơ lây nhiễm cao phải xử lý sơ bộ trước khi thu gom về khu lưu giữ, xử lý chất thải trong khuôn viên cơ sở y tế.Tần suất thu gom chất thải lây nhiễm từ nơi phát sinh về khu lưu giữ chất thải trong khuôn viên cơ sở y tế ít nhất 1 lần/ngày. Đối với các cơ sở y tế có lượng chất thải lây nhiễm phát sinh dưới 5 kg/ngày, tần suất thu gom chất thải lây nhiễm sắc nhọn từ nơi phát sinh về khu lưu giữ tạm thời trong khuôn viên cơ sở y tế hoặc đưa đi xử lý, tiêu hủy tối thiểu là 1 lần/thángTheo Thông tư, chất thải nguy hại không lây nhiễm được thu gom, lưu giữ riêng tại khu lưu giữ chất thải trong khuôn viên cơ sở y tế. Riêng chất hàn răng amalgam thải và thiết bị y tế bị vỡ, hỏng, đã qua sử dụng có chứa thủy ngân được thu gom và lưu giữ riêng trong các hộp bằng nhựa hoặc các vật liệu phù hợp và bảo đảm không bị rò rỉ hay phát tán hơi thủy ngân ra môi trường.

Về tái chế chất thải y tế: Chất thải y tế thông thường phục vụ mục đích tái chế và chất thải y tế thông thường không phục vụ mục đích tái chế được thu gom riêng. Các chất thải y tế thông thường phục vụ mục đích tái chế bao gồm chất thải là vật liệu giấy như giấy, báo, bìa, thùng các tông, vỏ hộp thuốc và các vật liệu giấy; các chất thải là vật liệu nhựa như các chai nhựa đựng thuốc, hóa chất không thuộc nhóm gây độc tế bào hoặc không có cảnh báo nguy hại từ nhà sản xuất, các chai, lon nước giải khát bằng nhựa và các đồ nhựa sử dụng trong sinh hoạt khác, các chai nhựa, dây truyền, bơm tiêm (không bao gồm đầu sắc nhọn); các chất thải là vật liệu kim loại như chai, lon nước uống giải khát và các vật liệu kim loại khác; các chất thải là vật liệu thủy tinh gồm các chai, lọ thủy tinh thải bỏ đã chứa đựng các loại thuốc, hóa chất. Yêu cầu đối với các loại chất thải này là không chứa yếu tố lây nhiễm hoặc đặc tính nguy hại khác vượt ngưỡng CTNH, không chứa yếu tố lây nhiễm, không thải ra từ các phòng điều trị cách ly hoặc chứa, đựng các loại thuốc, hoát chất không thuộc nhóm gây độc tế bào hoặc có cảnh báo nguy hại từ nhà sản xuất.

Về lưu giữ chất thải y tế: Thông tư quy định cơ sở y tế bố trí khu vực lưu giữ chất thải y tế trong khuôn viên cơ sở y tế đáp ứng các yêu cầu sau: Cơ sở y tế thực hiện xử lý chất thải y tế nguy hại cho cụm cơ sở y tế và bệnh viện phải có khu vực lưu giữ chất thải y tế nguy hại đáp ứng các yêu cầu kỹ thuật theo quy định. Cơ sở y tế không thuộc đối tượng quy định trên phải có khu vực lưu giữ chất thải y tế nguy hại đáp ứng các yêu cầu kỹ thuật theo quy định.

Dụng cụ, thiết bị lưu chứa chất thải y tế nguy hại tại khu lưu giữ chất thải trong cơ sở y tế thực hiện thống nhất theo quy định và phải đáp ứng các yêu cầu sau đây: Có thành cứng, không bị bục vỡ, rò rỉ dịch thải trong quá trình lưu giữ chất thải; có biểu tượng loại chất thải lưu giữ; dụng cụ, thiết bị lưu chứa chất thải lây nhiễm phải có nắp đậy kín và chống được sự xâm nhập của các loài động vật; dụng cụ, thiết bị lưu chứa hóa chất thải phải được làm bằng vật liệu không có phản ứng với chất thải lưu chứa và có khả năng chống được sự ăn mòn nếu lưu chứa chất thải có tính ăn mòn. Trường hợp lưu chứa hóa chất thải ở dạng lỏng phải có nắp đậy kín để chống bay hơi và tràn đổ chất thải.

Chất thải y tế nguy hại và chất thải y tế thông thường phải lưu giữ riêng tại khu vực lưu giữ chất thải trong khuôn viên cơ sở y tế. Chất thải lây nhiễm và chất thải nguy hại không lây nhiễm phải lưu giữ riêng trừ trường hợp các loại chất thải này áp dụng cùng một phương pháp xử lý. Chất thải y tế thông thường phục vụ mục đích tái chế và chất thải y tế thông thường không phục vụ mục đích tái chế được lưu giữ riêng.Thời gian lưu giữ chất thải lây nhiễm được quy định như sau: Đối với chất thải lây nhiễm phát sinh tại cơ sở y tế, thời gian lưu giữ chất thải lây nhiễm tại cơ sở y tế không quá 2 ngày trong điều kiện bình thường. Trường hợp lưu giữ chất thải lây nhiễm trong thiết bị bảo quản lạnh dưới 8°C, thời gian lưu giữ tối đa là 7 ngày. Đối với cơ sở y tế có lượng chất thải lây nhiễm phát sinh dưới 5 kg/ngày, thời gian lưu giữ không quá 3 ngày trong điều kiện bình thường và phải được lưu giữ trong các bao bì được buộc kín hoặc thiết bị lưu chứa được đậy nắp kín. Đối với chất thải lây nhiễm được vận chuyển từ cơ sở y tế khác về để xử lý theo mô hình cụm hoặc mô hình tập trung, phải ưu tiên xử lý trong ngày. Trường hợp chưa xử lý ngay trong ngày, phải lưu giữ ở nhiệt độ dưới 20°C và thời gian lưu giữ tối đa không quá 2 ngày.Giảm thiểu chất thải y tế: Theo Thông tư, cơ sở y tế phải thực hiện các biện pháp giảm thiểu phát sinh chất thải y tế theo thứ tự ưu tiên sau: 

1- Lắp đặt, sử dụng các thiết bị, dụng cụ, thuốc, hóa chất và các nguyên vật liệu phù hợp, bảo đảm hạn chế phát sinh chất thải y tế; 

2- Đổi mới thiết bị, quy trình trong hoạt động y tế nhằm giảm thiểu phát sinh chất thải y tế; 

3- Quản lý và sử dụng vật tư hợp lý và hiệu quả.

Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/4/2016.