Một số đơn vị đã tiến hành rà soát hiện trạng và lập quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch đất rừng gắn với quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội, quy hoạch sử dụng đất của địa phương. Đồng thời, chủ động xây dựng phương án sản xuất kinh doanh, phương án sử dụng đất, xác định diện tích đất cần giữ lại để chuyển sang hình thức thuê đất, chuyển giao diện tích đất về cho địa phương quản lý. Các ban quản lý rừng giao khoán bảo vệ rừng tự nhiên, phòng hộ, đặc dụng. Các diện tích rừng được khoán bảo vệ chủ yếu là rừng đặc dụng, phòng hộ ở những nơi xung yếu và rất xung yếu, bảo vệ đầu nguồn nước phục vụ sản xuất, sinh hoạt, các công trình thủy lợi ở các xã đặc biệt khó khăn.

Tuy nhiên, việc quản lý, sử dụng đất tại các nông, lâm trường vẫn còn một số tồn tại, hạn chế như: Hiệu quả sử dụng đất chưa cao; hệ thống số liệu, tài liệu, bản đồ về đất đai chưa đầy đủ và thiếu chính xác; ranh giới sử dụng đất nhiều nơi chưa được xác định rõ trên thực địa; tình trạng tranh chấp, vi phạm pháp luật về đất đai còn phức tạp; việc chuyển sang thuê đất theo quy định của pháp luật còn chậm; diện tích đất bàn giao cho địa phương chủ yếu được thực hiện trên sổ sách, chưa có hồ sơ địa chính để quản lý, sử dụng.

Hiện nay trên địa bàn tỉnh Phú Thọ có 13 tổ chức quản lý, sử dụng đất có nguồn gốc từ nông, lâm trường quốc doanh bao gồm các tổ chức sau:

- Vườn quốc gia Xuân Sơn;

- Ban quản lý rừng khu di tích lịch sử Đền Hùng;

-   Ban quản lý rừng phòng hộ sông Bứa;

- Ban quản lý rừng phòng hộ Ngòi Giành;

-  Công ty Cổ phần chè Phú Thọ;

- Các công ty lâm nghiệp: Tam Thanh, Đoan Hùng, Thanh Hòa, Sông Thao, Yên Lập, Tam Thắng, Tam Sơn, Xuân Đài.

Thực hiện Nghị quyết số 112/2015/NQ-QH13 ngày 27/11/2015 của Quốc hội về tăng cường quản lý đất đai có nguồn gốc từ nông trường, lâm trường quốc doanh do các công ty nông nghiệp, công ty lâm nghiệp, ban quản lý rừng và các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân khác sử dụng; Chỉ thị số 11/CT-TTg ngày 04/4/2016 của Thủ tướng Chính phủ về thực hiện Nghị quyết số 112/2015/NQ-QH13 ngày 27/11/2015 của Quốc hội. 

Sở Tài nguyên và Môi trường đã triển khai xây dựng Đề án “Tăng cường quản lý đất có nguồn gốc từ nông, lâm trường quốc doanh trên địa bàn tỉnh Phú Thọ”, với mục tiêu cụ thể:

- Thiết lập được hệ thống bản đồ và hồ sơ kỹ thuật phản ánh chính xác, đầy đủ theo đúng hiện trạng ranh giới các loại đất; ranh giới đất thuộc tổ chức, hộ gia đình, cá nhân quản lý, sử dụng;

- Lập hồ sơ ranh giới sử dụng đất; xác định ranh giới, cắm mốc ranh giới, đo đạc lập bản đồ địa chính; xây dựng được phương án sử dụng đất; hoàn thiện thủ tục, hồ sơ giao đất, xác định giá thuê đất, cho thuê đất đồng bộ, thống nhất với kết quả xác định ranh giới trên thực địa;

- Làm cơ sở để đo đạc lập bản đồ địa chính, hoàn thành việc đăng ký và cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất (Giấy chứng nhận), lập hồ sơ địa chính; xây dựng cơ sở dữ liệu đất đai phục vụ cho công tác quản lý nhà nước về đất đai;

- Xác định rõ phạm vi ranh giới sử dụng đất có nguồn gốc từ các nông, lâm trường quốc doanh để quản lý chặt chẽ quỹ đất đã giao, cho thuê sử dụng; hạn chế và ngăn ngừa tình trạng lấn chiếm đất của các Công ty, giúp cho các Công ty nắm rõ diện tích đất và hiện trạng sử dụng đất để có kế hoạch sử dụng đất hiệu quả theo đúng quy định của pháp luật.

- Đề xuất được các giải pháp, chính sách để xử lý những tồn tại, bất cập và nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý, sử dụng đất có nguồn gốc từ nông, lâm trường.

Hiện nay Đề án đang trong giai đoạn lấy ý kiến của các ngành liên quan và UBND các huyện trước khi trình UBND tỉnh phê duyệt.