Thực hiện Nghị định số 200/2004/NĐ-CP ngày 03 tháng 12 năm 2004 của Chính phủ về việc sắp xếp, đổi mới và phát triển lâm trường quốc doanh;Thông tư số 04/2005/TT-BTNMT ngày 18 tháng 7 năm 2005 của Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn các biện pháp quản lý, sử dụng đất đai khi sắp xếp, đổi mới và phất triển các, nông lâm trường quốc doanh. Sở Tài nguyên và Môi trường đã tham mưu cho UBND tỉnh thành lập Đoàn kiểm tra liên ngành, kiểm tra công tác quản lý, sử dụng đất nông, lâm nghiệp trên địa bàn tỉnh tại Quyết định số 3372/QĐ-UBND ngày 19 tháng 10 năm 2009; văn bản số 1032/CV-TNMT ngày 04 tháng 6 năm 2012 của Sở Tài nguyên và Môi trường Phú Thọ về việc lập quy hoạch sử dung đất của các Công ty lâm nghiệp.

Đoàn đã kiểm tra 08 đơn vị sử dụng đất đó là Công ty lâm nghiệp A Mai, Công ty lâm nghiệp Yên Lập, Xí nghiệp chè Hưng Long, Xí nghiệp chè Ngọc Đồng thuộc huyện Yên Lập, Công ty lâm nghiệp Tam Thắng, Công ty lâm nghiệp Xuân Đài, Công ty lâm nghiệp Tam Sơn, Nhà máy chè Yên Sơn thuộc huyện Thanh Sơn và Tân Sơn. Qua công tác kiểm tra, rà soát của các đơn vị cho thấy quá trình hoạt động, các đơn vị đã có nhiều đóng góp trong việc bảo vệ và phát triển rừng, xây dựng đời sống kinh tế văn hóa xã hội, chuyển giao kỹ thuật lâm sinh đến các khu vực vùng sâu, vùng xa, đồng bào dân tộc ít người. Tạo cơ hội để các hộ nông dân, công nhân lâm nghiệp có việc làm, thu nhập giảm bớt đói nghèo. Tuy nhiên trong quá trình hoạt động, các đơn vị này cũng bộc lộ những hạn chế. Trước hết đó là công tác quản lý đất đai còn nhiều khó khăn vì quy mô quá lớn. Do vậy công tác quản lý chưa chặt chẽ dẫn đến, nhiều diện tích đất bị lấn chiếm, nhiều khu vực để người dân địa phương tự do sử dụng, canh tác sản xuất nông nghiệp, làm nhà ở và có nhiều khu vực tranh chấp giữa công ty với người dân địa phương, nhiều diện tích sử dụng đất không hiệu quả, hoặc không đúng mục đích. Sở Tài nguyên và Môi trường đã tham mưu đề nghị UBND tỉnh thu hồi toàn bộ những khu vực đất nói trên với tổng diện tích đến nay là 19.948,5 ha và bàn giao cho địa phương xử lý, giải quyết dứt điểm theo quy định của luật đất đai.

Đối với diện tích đất còn lại yêu cầu các công ty lâm nghiệp tiếp tục rà soát lại hiện trạng quỹ đất đang quản lý, sử dụng và lập quy hoạch sử dụng đất đối với từng loại đất giữ lại để tiếp tục sử dung, diện tích phân bổ cho từng mục đích sử dụng cho phù hợp với nhiệm vụ được giao trên cơ sở định mức lao động, trồng, khoanh nuôi bảo vệ rừng. 

Đến nay đã có 9/9 Công ty lâm nghiệp trên địa bàn tỉnh đã thực hiên lập quy họach sử dụng đất chi tiết và nộp hồ sơ về Sở Tài nguyên và Môi trường để tổ chức thẩm định. Qua công tác thẩm định hồ sơ quy hoạch sử dụng đất của các công ty lâm nghiệp còn nhiều nội dung chưa phù hợp, phạm vi danh giới sử dung đất của một số đơn vị chưa được xác định rõ ràng ngoài thực địa. Sở Tài nguyên và Môi trường đề nghị các công ty lâm nghiệp tiếp tục phối hợp với các địa phương rà soát toàn bộ diện tích đơn vị đang quản lý xá định ranh giới rõ ràng theo thực tế và hoàn thiện hồ sơ quy hoạch sử dụng đất chi tiết của các đơn vị để trình UBND tỉnh phê duyệt và đưa vào quản lý và sử dụng.q