Quá trình trầm tích bùn đáy sông, hồ là quá trình tích tụ và hình thành các chất vụ cơ học, chất cặn, chất keo lơ lửng trong môi trường nước với điều kiện địa hóa môi trường thuận lợi làm lắng đọng các vụ cơ học, chất keo, theo thời gian tạo nên các lớp trầm tích riêng biệt. Thông thường thành phần các lớp trầm tích gồm: Thành phần thạch học chủ yếu là bột, sét chiếm đến 80%-90%, còn lại các thành phần cát hạt nhỏ, vụn cơ học, mùn hữu cơ chiếm khoảng 20%; thành phần hóa học chủ yếu gồm SiO2, Al2O3, Fe2O3, các nguyên tố kim loại nặng như Cu, Zn, Cd, As, Pb,  Hg, Cr, Sb, Mn chiếm một lượng nhỏ; thành phần khoáng vật chính gồm thạch anh, sét kaolinit, sét montmorilonit, một ít felspat, gơtit và mảnh vụn đá.  Đối với mỗi lớp trầm tích sẽ phản ánh điều kiện địa hóa môi trường, nguồn cung cấp vật liệu trong thời gian chúng được hình thành. Theo kết quả nghiên cứu thực tiễn của các nhà địa hóa học thì tầng trầm tích phản ánh môi trường trong thời gian hiện tại có chiều dầy từ 0 – 30 cm tính từ bề mặt đáy hồ trở xuống.

Trên địa bàn thành phố Việt Trì có hệ thống sông, hồ chính bao gồm sông Hồng, sông Lô, các hồ, ao phân bố ở các phường: Minh Phương, Minh Nông, Thọ Sơn, Thanh Miếu, Dữu Lâu, Trưng Vương. Đây là nơi tiếp nhận một lượng lớn các chất thải từ các khu công nghiệp, các cơ sở công nghiệp không tập trung lạc hậu và chất thải sinh hoạt của các khu đô thị, sự tích lũy các chất có hại lâu dài gây ô nhiễm môi trường.

Đối với môi trường đáy sông, hồ, ao luôn có hệ sinh thái bùn đáy đặc trưng gồm các loại thực vật đáy, rong, tảo và các loại động vật bùn đáy như lươn, cua, ốc đặc trưng cho hệ thực vật bùn đáy là loài thuỷ sinh hoàn toàn ao, hồ, tên thường gọi là cây Tóc Tiên, tên khoa học Vallisneria. Thực tế hiện nay tại các ao, hồ trên địa bàn thành phố Việt Trì không còn xuất hiện loài thực vật thủy sinh hoàn toàn nêu trên do hoạt động nuôi trồng thủy sản, do ô nhiễm môi trường. Thay vào đó là các loài thực vật sống trên mặt nước, chịu được ô nhiễm môi trường như Bèo Tây, Bèo Cái …

Trong môi trường sông, hồ, ao luôn tồn tại pha hòa tan (các chất ở dạng ion) và pha không hòa tan (các chất ở dạng keo). Quá trình tích lũy các nguyên tố kim loại nặng Cu, Zn, Cd, As, Pb,  Hg, Cr, Sb, Mn liên quan mật thiết với pha không hòa tan, trong đó dạng tồn tại chủ yếu là dạng liên kết các hạt keo hoặc tích lũy trong trầm tích hạt nhỏ (khoáng vật sét). Các khoáng vật sét, các chất keo có độ dính kết cao luôn có xu hướng hấp thu các ion kim loại nặng từ pha hòa tan vào trong liên kết hình thành hạt keo chứa nguyên tố kim loại ở dạng bền vững và có xu thế tích tụ trong trầm tích.

Yếu tố ảnh hưởng đến sự tích lũy kim loại trong trầm tích phụ thuộc vào thứ nhất là vai trò của các thông số địa hóa môi trường như lượng chất rắn lơ lửng TDS; thứ hai là phụ thuộc vào thành phần hạt trầm tích. Thành phần bột, sét càng lớn thì càng có lợi cho sự tích lũy các kim loại; thứ ba, phụ thuộc vào hàm lượng vật chất hữu cơ; thứ tư, phụ thuộc vào thành phần khoáng vật trong trầm tích. Các khoáng vật trong trầm tích có độ nhớt, độ dính kết càng cao thì mức thu hút các nguyên tố kim loại càng lớn; thứ năm, phụ thuộc vào nguồn cung cấp vật liệu trầm tích và khoảng cách đối với nguồn phát tán các nguyên tố kim loại.

Các sông, hồ, ao tại thành phố Việt Trì hiện nay vẫn thường xuyên tiếp nhận các chất thải từ các nhà máy, khu công nghiệp được cho là chứa nhiều các chất có hại, hiện nay chưa có đánh giá cụ thể.

Đối với phát triển kinh tế bền vững đảm bảo sức khỏe, môi trường cho tái sản xuất mở rộng thì vấn đề bảo vệ môi trường là cần thiết và cần được đầu tư nghiên cứu hợp lý, trong đó môi trường nước mặt đóng vai trò quan trọng trong điều hòa không khí, cung cấp oxy tự do cho môi trường.

Với môi trường đô thị hiện nay cảnh quan môi trường là yếu tố đặc biệt quan trọng, cảnh quan thiên nhiên cần được giữ gìn, các loài động thực vật trong thiên nhiên phải được bảo vệ.

Vì vậy việc đầu tư nghiên cứu trầm tích tại các sông, hồ trên địa bàn thành phố Việt Trì, nhằm đánh giá tổng thể hiện trạng môi trường sông, đầm, hồ khuyến cáo các phương án cải tạo phục hồi môi trường, môi sinh là rất cần thiết.