Nghị định gồm 5 chương và 15 Điều được áp dụng đối với tổ chức, cá nhân có hành vi làm môi trường bị ô nhiễm, suy thoái trên lãnh thổ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam; tổ chức, cá nhân khác có liên quan. Nội dung chủ yếu quy định về trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại và xác định thiệt hại đối với môi trường bao gồm thu thập dữ liệu, chứng cứ để xác định thiệt hại đối với môi trường, tính toán thiệt hại đối với môi trường và xác định trách nhiệm bồi thường thiệt hại đối với môi trường do ô nhiễm, suy thoái gây ra trong các trường hợp môi trường nước và đất phục vụ mục đích bảo tồn, sinh hoạt, giải trí, sản xuất và mục đích khác bị ô nhiễm, bị ô nhiễm ở mức nghiêm trọng, bị ô nhiễm ở mức đặc biệt nghiêm trọng; hệ sinh thái tự nhiên thuộc và không thuộc khu bảo tồn thiên nhiên bị suy thoái; loài được ưu tiên bảo vệ theo quy định của pháp luật bị chết, bị thương.

Việc tính toán thiệt hại đối với môi trường căn cứ vào chi phí khắc phục ô nhiễm, suy thoái và phục hồi môi trường tại nơi xảy ra ô nhiễm, suy thoái để đạt các quy chuẩn kỹ thuật về môi trường đối với chất lượng môi trường nước, chất lượng môi trường đất; chi phí để phục hồi hệ sinh thái và loài được ưu tiên bảo vệ về bằng hoặc tương đương với trạng thái ban đầu dựa trên các dữ liệu, chứng cứ đã được thu thập, ước tính, thẩm định theo quy định tại Nghị định này. Thiệt hại đối với môi trường của một khu vực địa lý bằng tổng thiệt hại đối với từng thành phần môi trường của khu vực địa lý đó. Việc xác định thiệt hại và bồi thường thiệt hại đối với sức khỏe, tính mạng của con người, tài sản và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân do hậu quả của môi trường bị ô nhiễm, suy thoái được thực hiện theo quy định của pháp luật dân sự.

Nguyên tắc xác định trách nhiệm bồi thường thiệt hại đối với môi trường được thực hiện căn cứ vào mức độ ô nhiễm, suy thoái ở một khu vực địa lý tự nhiên do các nguồn phát sinh chất thải hoặc các hành vi xâm hại tại khu vực đó hoặc không tại khu vực đó nhưng tác động xấu đến khu vực đó; có cơ sở khoa học về tồn tại mối liên hệ giữa các chất gây ô nhiễm có thể phát sinh từ nguồn thải hoặc hành vi xâm hại với tình trạng suy giảm chức năng và tính hữu ích của môi trường; việc xác định tổ chức, cá nhân gây ô nhiễm, suy thoái môi trường phải đảm bảo kịp thời và công bằng.

Tổ chức, cá nhân làm môi trường bị ô nhiễm, suy thoái phải bồi thường toàn bộ thiệt hại đối với môi trường do mình gây ra, đồng thời phải chi trả toàn bộ chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại cho cơ quan đã ứng trước kinh phí theo quy định. Trường hợp có từ hai tổ chức, cá nhân trở lên làm môi trường bị ô nhiễm, suy thoái thì trách nhiệm bồi thường thiệt hại đối với môi trường, trách nhiệm chi trả chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại của từng tổ chức, cá nhân được xác định tương ứng với tỷ lệ gây thiệt hại trong tổng thiệt hại đối với môi trường. Tổ chức, cá nhân tuân thủ đầy đủ các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, có hệ thống xử lý chất thải đạt yêu cầu và chứng minh được rằng không gây ô nhiễm, suy thoái môi trường thì không phải bồi thường thiệt hại đối với môi trường và không phải chịu các chi phí liên quan đến xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại.  

Trên cơ sở dữ liệu, chứng cứ và kết quả tính toán thiệt hại, cơ quan có thẩm quyền sẽ quyết định giải quyết bồi thường theo một trong các hình thức là thỏa thuận việc bồi thường với người gây thiệt hại; yêu cầu trọng tài giải quyết hoặc khởi kiện tại tòa án. Cơ quan có thẩm quyền được sử dụng khoản bồi thường sau khi trừ chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại để đầu tư khắc phục ô nhiễm, suy thoái và cải tạo môi trường nơi xảy ra ô nhiễm, suy thoái.  Trường hợp ô nhiễm, suy thoái xảy ra trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên thì khoản bồi thường thiệt hại sau khi trừ chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại được chuyển về Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam để đầu tư khắc phục ô nhiễm, suy thoái và cải tạo môi trường nơi xảy ra ô nhiễm, suy thoái.

Ủy ban nhân dân cấp xã có trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại đối với môi trường do ô nhiễm, suy thoái gây ra trên địa bàn thuộc phạm vi quản lý của mình, có trách nhiệm đề nghị Ủy ban nhân dân cấp huyện tổ chức thu thập và thẩm định dữ liệu, chứng cứ để xác định thiệt hại đối với môi trường do ô nhiễm, suy thoái gây ra; Ủy ban nhân dân cấp huyện có trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại đối với môi trường do ô nhiễm, suy thoái gây ra trên địa bàn từ hai xã, thị trấn, thị tứ trở lên; Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại đối với môi trường do ô nhiễm, suy thoái gây ra trên địa bàn từ hai huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh trở lên; Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại đối với môi trường do ô nhiễm, suy thoái gây ra trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên.

Nghị định này không áp dụng đối với các trường hợp thiệt hại đối với môi trường do thiên tai gây ra; gây ra bởi trường hợp bất khả kháng, tình thế cấp thiết phải tuân theo yêu cầu của cơ quan quản lý Nhà nước có thẩm quyền; trường hợp khác theo quy định của pháp luật, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 3 năm 2015 và thay thế cho Nghị định số 113/2010/NĐ-CP ngày 03 tháng 12 năm 2010 của Chính phủ quy định về xác định thiệt hại đối với môi trường.