Đợt 1 xuất hiện vào ngày 8 - 9/6 và đợt 2 xuất hiện vào các ngày 19 - 22/6 với nhiệt độ cao nhất tuyệt đối tại trạm Khí tượng Việt Trì lên tới 38.20C. Sang đầu tháng 7, mưa lớn trên diện rộng bao trùm các tỉnh miền núi phía Bắc từ ngày 3 đến hết ngày 6/7 do ảnh hưởng của rãnh áp thấp kết hợp với hội tụ gió trên cao mưa vừa, mưa to đến rất to gây lũ ống, lũ quét, sạt lở đất đá làm thiệt hại nhiều về người và tài sản của nhân dân. Nhiều công trình công cộng, nhà cửa bị cuốn trôi thiệt hại ước tính lên tới hàng trăm tỷ đồng. Tại tỉnh Phú Thọ lượng mưa trong đợt này không nhiều phổ biến các nơi từ 60 - 120 mm. Do vậy mực nước các sông chảy qua tỉnh ta dao động lên. Trên sông Thao tại Phú Thọ xấp xỉ Báo động I. Trên sông Đà, sông Lô mực nước dao động lên theo điều tiết của hồ chứa Hoà Bình và hồ chứa Tuyên Quang. Nên mực nước ở mức Báo động I.    



Theo nhận định của các chuyên gia dự báo KTTV trong các tháng 7, 8, 9 năm 2009 sẽ có từ 2 - 3 cơn bão và áp thấp nhiệt đới (ATNĐ) ảnh hưởng tới Việt Nam. Tại tỉnh Phú Thọ khả năng chịu ảnh hưởng hoàn lưu bão, ATNĐ từ 1 - 2 cơn.



- Hiện tượng El Nino đang có dấu hiệu hoạt động trở lại và sẽ bắt đầu tác động tới chế độ nhiệt và mưa từ tuần cuối tháng 8/2009.



- Trên phạm vi toàn tỉnh có khả năng xảy ra 3 đến 4 đợt nắng nóng gay gắt trên diện rộng. Nhiệt độ cao nhất tuyệt đối lên tới 37 - 390C, một số nơi do điều kiện địa hình nhiệt độ cao nhất tuyệt đối có thể cao hơn 390C. 



- Trong toàn tỉnh có ít nhất hai đến ba đợt mưa vừa, mưa to diện rộng. Tổng lượng mưa tháng 7 tại các nơi trong tỉnh phổ biến xấp xỉ và cao hơn một ít so với giá trị TBNN. Thời kỳ mưa nhiều có khả năng tập trung vào nửa cuối tháng. Sang tháng 8, tháng 9 lượng mưa các nơi sẽ giảm.



- Trên các sông, suối mực nước dao động lên vào thời kỳ giữa và cuối tháng 7/2009. Khả năng xuất hiện hai đến ba đợt lũ vừa và nhỏ. Mực nước trung bình tháng trên sông Thao khả năng ở mức xấp xỉ TBNN, trên sông Lô dao động theo sự điều tiết của các hồ chứa.



- Tháng 8, có khả năng xảy ra đợt lũ lớn trên sông Đà, sông Lô. Đỉnh lũ khả năng ở mức trên Báo động II.