Thời gian qua có một số dự án cấp phép khai thác chưa gắn với chế biến; quản lý khai thác lỏng lẻo nên xẩy ra tình trạng khai thác buôn bán quặng sắt trái phép gây ảnh hưởng đến an toàn giao thông, vệ sinh môi trường, chưa tuân thủ đúng tiến độ dự án, nghĩa vụ tài chính đối với nhà nước dẫn đến thất thoát nguồn thu ngân sách. Trách nhiệm quản lý nhà nước nhất là UBND cấp xã chưa được đề cao... Hiện nay, trên địa bàn tỉnh có 07 doanh nghiệp được cấp phép khai thác, chế biến quặng sắt. Trong đó, công ty TNHH đầu tư và thương mại Đông Phương Hồng được phép khai thác mỏ sắt Chòi Hãn, xã Cự Thắng và mỏ sắt Đông Cửu, (Thanh Sơn) từ năm 2002. Đây là các mỏ sắt loại manhêtit (có từ). Hiện đang làm thủ tục chuyển nhượng góp vốn các mỏ này vào công ty cổ phần gang thép công nghiệp Việt Nam và mở rộng phục vụ Dự án luyện gang của công ty trong và ngoài tỉnh. Công ty cổ phần gang thép công nghiệp Việt Nam được phép khai thác, chế biến mỏ sắt xóm Vì, xã Thượng Cửu (Thanh Sơn) sau khi nhận chuyển nhượng từ Công ty TNHH đầu tư và thương mại Đông Phương Hồng. Hiện nay, giai đoạn I của Dự án đã hoàn thành trong tháng 8-2007, gồm: xây dựng, lắp đặt dây chuyền nghiền, tuyển quặng và đang vận hành sản xuất với giá trị đầu tư 38 tỷ đồng. Giai đoạn II của Dự án là sản xuất gang đúc, do diện tích tại xã Thượng Cửu không đáp ứng đủ nên công ty xin chuyển địa điểm ra xã Giáp Lai. Hiện tại, Công ty đã được UBND tỉnh đồng ý cho mở rộng khu vực khai thác tại xóm Vì, xã Thượng Cửu, nhận chuyển nhượng mỏ sắt Chòi Hãn - xã Cự Thắng, xóm Mu - xã Đông Cửu. Công ty cổ phần Thanh Nhàn, khai thác mỏ sắt xóm Đình (là loại sắt không từ, hàm lượng Fe thấp) từ năm 2004; tận thu quặng limonit tại Gò The, xã Giáp Lai trong khu vực khai trường đã đóng cửa mỏ của Mỏ Pyrit cũ. Đến nay đã hoàn thành xong giai đoạn xây dựng cơ bản mỏ, đầu tư phương tiện thiết bị khai thác, từng bước tiến hành khai thác, đang lắp đặt máy nghiền bi tuyển từ, dự kiến đến quý I năm 2008 sẽ đưa vào chạy thử. Công ty cũng đã lắp đặt đưa vào hoạt động lò thiêu đốt với vốn đầu tư khoảng 8 tỷ đồng tại địa bàn xã Giáp Lai nhằm nâng cao hàm lượng, đáp ứng yêu cầu cao của thị trường. Qua tiến hành chạy thử, đã nâng được hàm lượng từ 25 - 37% lên trên 54%. Công ty TNHH sản xuất và thương mại Đại Phát, khai thác mỏ sắt Tăng Ma, xã Đào Xá (Thanh Thủy) từ năm 2004. Công ty đã duy trì hoạt động khai thác thường xuyên tại mỏ, đồng thời đầu tư hệ thống đập ngăn dưới chân núi giảm thiểu hiện tượng xô lũ trong mùa mưa. Tuy nhiên, hoạt động khai thác tại mỏ gặp nhiều khó khăn do thân quặng dưới sâu dẫn đến khối lượng bốc đất rất lớn. Về chế biến, Công ty đã lập dự án đầu tư xây dựng Xí nghiệp chế biến quặng sắt với công suất 100.000 tấn/năm tại Cảng Việt Trì đã đưa vào hoạt động (Dự án được chấp thuận của Chủ tịch UBND tỉnh tại QĐ số 1030 năm 2006 với tổng vốn đầu tư là 27,067 tỷ đồng). Công ty TNHH nhà nước một thành viên Khoáng sản 3 được khai thác mỏ sắt Hạnh Phúc, xã Vô Tranh (Hạ Hòa) từ năm 2003. Công ty đã tiến hành khai thác có hiệu quả, tạo công ăn việc làm cho địa phương, tích cực góp phần khắc phục hậu quả thiên tai lũ lụt xảy ra nghiêm trọng trên địa bàn xã Vô Tranh và vùng lân cận năm 2006. Tuy nhiên, theo kết quả điều tra tính trữ lượng, sản lượng khai thác các năm, khối lượng quặng còn lại tại mỏ không nhiều. Công ty cổ phần khoáng sản và luyện kim Thăng Long, khai thác mỏ sắt xóm Vì, xã Thượng Cửu và xóm Chùa, xã Khả Cửu (Thanh Sơn) từ năm 2006 theo QĐ số 2745 năm 2006. Sản lượng được phép khai thác là quặng sắt tinh: 190.000 tấn/năm và quặng cầu viên: 500000 tấn/năm. Tổng diện tích được cấp phép là 57,7 ha. Về chế biến, Dự án khai thác, chế biến và sản xuất được chấp thuận tại QĐ số 2623 năm 2006. Đến nay, Công ty đã hoàn thành 80% các hạng mục của giai đoạn I Dự án. Hiện nay, theo yêu cầu đầu tư, Công ty đang xin chuyển địa điểm hoạt động của Nhà máy luyện phôi thép công suất 300.000 tấn/năm trong Cụm công nghiệp Giáp Lai, huyện Thanh Sơn. Công ty TNHH Trung Lương đã lập Dự án đầu tư xây dựng Nhà máy luyện gang với diện tích 2,3 ha tại xã Giáp Lai (Thanh Sơn) và được UBND tỉnh chấp thuận tại QĐ số 3257 năm 2005. Quy mô của Dự án xây dựng lò cao có dung tích 25 m3, công suất 20.000 tấn gang các loại/năm với tổng vốn đầu tư 28,5 tỷ đồng. Về hoạt động khai thác, được phép khai thác mỏ sắt Núi Chó – khu Đồng Tún, Núi Thiếp - khu Đồng Ngọc, xã Văn Luông (Tân Sơn) theo QĐ số 1874 năm 2006 của Chủ tịch UBND tỉnh. Tổng diện tích khu vực khai thác là 3,05 ha, sản lượng 50.000 tấn/năm với thời hạn 03 năm kể từ ngày 30-6-2006. Đến nay, đơn vị đã cơ bản hoàn thành các thủ tục theo yêu cầu. Công ty cổ phần đầu tư và phát triển công nghiệp Hà Thái, được phép khai thác, chế biến quặng sắt nghèo tại xóm Chuôi - Hắm, xã Khả Cửu (Thanh Sơn) cuối tháng 12-2007. Có 6 doanh nghiệp đã được UBND tỉnh đồng ý về chủ trương cho phép đầu tư khai thác, chế biến quặng sắt.
Thực hiện thông báo kết luận chỉ đạo số 99 ngày 21-12-2007 của chủ tịch UBND tỉnh Nguyễn Doãn Khánh, qua kiểm tra Sở Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với UBND các huyện và các xã có liên quan để UBND tỉnh ra quyết định thu hồi 4 mỏ sắt của 3 doanh nghiệp, yêu cầu đóng cửa mỏ và phục hồi môi trường. Đôn đốc các doanh nghiệp hoàn thiện hồ sơ còn thiếu, chưa hợp lệ; mỗi doanh nghiệp phôtô hoàn chỉnh 1 bộ hồ sơ nộp UBND các huyện có liên quan để phục vụ công tác theo dõi, quản lý. Các doanh nghiệp đã được cấp phép cần đẩy nhanh, đảm bảo đúng tiến độ của các dự án chế biến đã được chấp thuận; rà soát, hoàn chỉnh các thủ tục còn thiếu, chưa đầy đủ theo quy định. Đối với các doanh nghiệp đã được UBND tỉnh đồng ý về chủ trương cho phép lập dự án đầu tư khai thác, chế biến quặng sắt, thực hiện đúng các quy định của nhà nước về đầu tư, về khai thác, chế biến, bảo vệ môi trường, sử dụng đất đai… Thực hiện đúng các chủ trương của UBND tỉnh, từ đó hình thành vùng công nghiệp chế biến sâu quặng sắt ở khu vực miền núi, thu gọn đầu mối hoạt động khai thác, chế biến và kinh doanh khoáng sản kim loại trên địa bàn tỉnh.
Thực hiện thông báo kết luận chỉ đạo số 99 ngày 21-12-2007 của chủ tịch UBND tỉnh Nguyễn Doãn Khánh, qua kiểm tra Sở Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với UBND các huyện và các xã có liên quan để UBND tỉnh ra quyết định thu hồi 4 mỏ sắt của 3 doanh nghiệp, yêu cầu đóng cửa mỏ và phục hồi môi trường. Đôn đốc các doanh nghiệp hoàn thiện hồ sơ còn thiếu, chưa hợp lệ; mỗi doanh nghiệp phôtô hoàn chỉnh 1 bộ hồ sơ nộp UBND các huyện có liên quan để phục vụ công tác theo dõi, quản lý. Các doanh nghiệp đã được cấp phép cần đẩy nhanh, đảm bảo đúng tiến độ của các dự án chế biến đã được chấp thuận; rà soát, hoàn chỉnh các thủ tục còn thiếu, chưa đầy đủ theo quy định. Đối với các doanh nghiệp đã được UBND tỉnh đồng ý về chủ trương cho phép lập dự án đầu tư khai thác, chế biến quặng sắt, thực hiện đúng các quy định của nhà nước về đầu tư, về khai thác, chế biến, bảo vệ môi trường, sử dụng đất đai… Thực hiện đúng các chủ trương của UBND tỉnh, từ đó hình thành vùng công nghiệp chế biến sâu quặng sắt ở khu vực miền núi, thu gọn đầu mối hoạt động khai thác, chế biến và kinh doanh khoáng sản kim loại trên địa bàn tỉnh.