Theo số liệu dự án cấp GCN cho các tổ chức thì tính đến thời điểm tháng 12 năm 2006, trên địa bàn tỉnh mới cấp được 389 GCN cho các tổ chức, chiếm khoảng 14% tổng số tổ chức cần cấp GCN.

Trên tinh thần chỉ đạo đó, Sở Tài nguyên và Môi trường đã tiến hành lập Dự án lập hồ sơ địa chính, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các tổ chức, cơ quan đơn vị hành chính sự nghiệp trên địa bàn tỉnh Phú Thọ (sau đây gọi tắt là dự án cấp GCN cho các tổ chức), được UBND tỉnh phê duyệt tại Quyết định số 1173/QĐ-UBND ngày 21/5/2007 và chỉ đạo thực hiện dự án cấp GCN cho các tổ chức theo đúng dự án được phê duyệt. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, do mục tiêu, cơ chế chính sách pháp luật về đất đai, quy trình, định mức, đơn giá sản phẩm thay đổi nên dự án cấp GCN cho các tổ chức được UBND tỉnh cho phép điều chỉnh 02 lần, thời gian thực hiện dự án được kéo dài từ năm 2007 đến ngày 30/9/2014. Để thực hiện dự án, Sở Tài nguyên và Môi trường đã ký hợp đồng với 05 đơn vị tư vấn theo hình thức đặt hàng dịch vụ sự nghiệp công là: Văn phòng Đăng ký quyền sử dụng đất, Trung tâm Phát triển quỹ đất, Trung tâm Công nghệ Thông tin, Trung tâm kỹ thuật công nghệ Tài nguyên (trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường) và Công ty cổ phần tư vấn kiến trúc đô thị Hà Nội - UAC.

 Khi triển khai dự án tại các huyện, thành, thị, Sở Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với UBND các huyện, thành, thị xây dựng kế hoạch thực hiện chi tiết cho từng địa bàn và tổ chức các hội nghị để quán triệt, thống nhất biện pháp thực hiện tại cơ sở. Đồng thời, Sở Tài nguyên và Môi trường đã tích cực chủ động phối hợp với các huyện, thành, thị và đơn vị tư vấn trong việc lập và trình duyệt hồ sơ cấp GCN, tổ chức kiểm tra, tháo gỡ kịp thời những khó khăn, vướng mắc trong quá trình tổ chức thực hiện dự án. Bên cạnh đó, Sở Tài nguyên và Môi đã phối hợp với Ban Tôn giáo - Sở Nội vụ tổ chức một số hội nghị (có các đơn vị tư vấn tham dự) để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc trong công tác cấp GCN cho các cơ sở tôn giáo để kịp thời ban hành một số văn bản đôn đốc, hướng dẫn.

Dự án cấp GCN cho các tổ chức trên địa bàn tỉnh đến nay cơ bản hoàn thành, được Bộ Tài nguyên và Môi trường đánh giá là một trong số ít những tỉnh đã tổ chức thực hiện tốt, có hiệu quả giúp cho công tác quản lý nhà nước về đất đai được chặt chẽ, đi vào nền nếp, đồng thời là nguồn dữ liệu chính để phục vụ cho công tác xây dựng cơ sở dữ liệu cho các tổ chức trong thời gian tới. Tính đến ngày 30/9/2014, tổng số GCN đã cấp là 4.525/4.906 GCN cần cấp, với diện tích 822,18 ha, đạt 92,2% tổng số GCN cần cấp cho các tổ chức trên địa bàn tỉnh. bao gồm:

- Đất trụ sở cơ quan, công trình sự nghiệp cấp được 1.282 GCN, diện tích 271,4 ha; Đất có mục đích công cộng cấp được 3.114 GCN, diện tích 479,63 ha; Đất cơ sở tôn giáo cấp được 34 GCN, diện tích 16,74 ha; Đất nghĩa trang, nghĩa địa cấp được 93 GCN, diện tích 54,41 ha.

Trong đó các huyện, thành, thị có tỷ lệ cấp GCN cao là: Thanh Sơn, Tân Sơn, Hạ Hòa, Yên Lập, Lâm Thao, thành phố Việt Trì và thị xã Phú Thọ.

Bên cạnh những kết quả đạt được còn gặp phải nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện dự án như: chính sách về pháp luật đất đai, định mức, đơn giá có sự thay đổi, đặc biệt là Luật Đất đai năm 2013 nên phải điều chỉnh dự án và điều chỉnh hồ sơ cấp GCN. Trong quá trình quản lý, sử dụng đất qua các thời kỳ, đất đai biến động không được chỉnh lý kịp thời dẫn đến ranh giới, diện tích của một số thửa đất có nhiều thay đổi. Bên cạnh đó việc quản lý đất đai của các tổ chức sử dụng đất, của cấp cơ sở chưa chặt chẽ, vẫn còn xảy ra tình trạng tự ý mở rộng, lấn chiếm, cho tặng, chuyển nhượng không đúng quy định...nên khó khăn cho công tác lập, thẩm định, xét duyệt hồ sơ cấp Giấy chứng nhận.